Mitteriiklikud keskused ja institutsioonid: Mittetulundusühing S-keskus (andis välja koguteost „Sõja ja rahu vahel“, mis käsitles Eesti ajalugu 1939-1956), Kistler-Ritso Eesti Sihtasutus (KRES) (eesmärgiks Okupatsioonide muuseumi rajamine Eestisse; ilmunud mitu olulist teatmikku Eestimaa Kommunistliku Partei ajaloost), Mälu Instituut (enne: Inimsusevastaste Kuritegude Uurimise Eesti Rahvusvaheline Komisjon – IKUES), muud keskused. Allikad: arhiivimaterjalid ja publitseeritud dokumendid. Dokumendid Rahvusarhiivis, mis ühendab endist Riigiarhiivi (ERA), Filmiarhiivi (EFA) ja Ajalooarhiivi (EAA). Olulisim dokumentatsioon just seal. Lisaks isikufondid, haridusasutuste fondid, pea kõik arhiiviainesed. Tallinna Linnarhiiv (TLA), seal ka palju nõukogudeaegset materjali, mis seotud Tallinna ja tolleaegsete ettevõtetega.
Tänu tema eestvedamisele on okupatsioonimuuseumi egiidi all ilmunud mitmeid olulisi teatmeteoseid, mis on seotud eelkõige võimuaparaadiga, kitsamalt just EKP tegemistega "EKP keskkomitee organisatsiooniline struktuur" hõlmab aastatid 1940-1991, millised muudatused partei aparaadis sellel perioodil toimusid. Märkismisväärne koostöö ka teiste asutustega lähiajaloo uurimisel. Mälu Instituut - Lennart Meri asutas Inimsusevastaste Kurittegude Uurmise Eesti Rahvusvaheline komisjon, IKUES - tõepärase pildi andmine välismaalastele, igapäevase toimimise printsiip selline, et loodi rahvusvaheline nõukogu, kuhu kuulusid silmapaistvad lähiajaloo uurijad. Selle juurde loodi uurimusrühm noortest ajaloolastest, kes valmistasid komisjonidele valmis raporteid, mille kaudu see rahvusvaheline nõukogude formuleerisid oma arvamusi?. Kui president Ilves sai ametisse, siis see asutus formuleerus Mälu Instituudiks, uurida, mis nõukogude võimuga kaasnes alates 1944