Seega nad redutseeruvad vastavald NADH+ H+ ja FADH2 Intermediaarne oksüdeerimine - > koensüümide oksüdeerimine ehk neilt võetakse vesiniku aatomid ära ja antakse need üle hingamisahela ensüümide süsteemile. Terminaalne oksüdeerimine - > vesiniku aatomid kantakse üle hapnikule, mille tulemusel moodustub vesi Fosforüülimine on ADP molekulile fosfaatrühma lisamine kasutades selleks ortofosforhapet ja hindamisahela vesinike aatomite (õigemini nende elektronide) ülekande vaba energiat. Elektronid transpordituna ensüümilt ensüümile jõuavad järjest madalamale energiatasemele kuni lõpuks seotakse hapnikuga ning iga NADH + H+ poolt transporditud elektronipaari ülekandel sünteesitakse kuni 3 ATP ja FADH2 transpordil 2ATP-d, sest FADH2 loovutab enda elektronpaari energeetiliselt madalamal nivool. Kõiki neid seoseid pole selgeks tehtud, aga Peter Mitchelli teooria järgi
3C happe oksüdeerimine, nii et vähem kui 4C ühendit kunagi ei teki. Püruvaat siseneb mitokondrisse ja reageerib koensüüm A-ga. Selle reaktsiooni käigus vabaneb üks süsinik CO2 kujul ja kaks elektroni regutseerivad ühe NAD. Atsetüüljääk koensüümilt ei vabane vaid kandub üle 4C aktseptorile(oksaalatsetaat) moodustades 6C tsitraadi. Tsitraadi edasisel oksüdeerimisel vabaneb veel 2 CO2 ja tekib 2 NADH. Tsükli teises pooles veel NADH ja FADH2. Kogu hindamisahela kohta tervikuna eraldub 4 elektroni CO2 kohta. koensüümA on ATP derivaat, milles kolmas fosfaat on asendatud pika ahelaga mille lõppu väävli kaudu ühildub atsetüülijääk. Kõik vaheproduktid võivad ahelast väljuda, pannes aluse aminohapete, rasvhapete ja nukleiinhapete sünteesile. Osmootse rõhu konstantsuse tagavad translokaatorid. Mitokondriaalne elektron-prooton-transport ja ATP süntees - Aeroobsetes tingimustes (O2 olemasolu) oksüdeeritakse tekkinud NADH (ka FADH2)