Surusääsklased on Võrtsjärve põhjaloomastikus liigirikkaim. Nende vorme on järves eristatud umbes 150. Surusääsklaste vastsed ja nukud moodustavad arvuliselt üle poole Võrtsjärve makrozoobentosest Väheharjasusse on järves ligikaudu 54 liiki Limuseid on Võrtsjärvest registreeritud kokku 70 liiki, neist 34 liiki on teod ja 36 karbid. Tigudest on järves kõige laiemalt levinud väikesed sulgteo perekonna liigid. Väikestest karpidest teatakse herneskarplasi. Suurtest karpidest on tuntud kiiljas jõekarp ja harilik järvekarp PÕHJALOOMASTIK Põhjaloomad söövad settinud orgaanilist ainet ja sellega seotud mikroobe, vetikaid, planktonloomi, suurtaimede kudesid ja üksteist Aitavad kaasa orgaanilise aine mineraliseerimisele ja töötavad vastu selle kuhjumisele veekogu põhja. Põhjaselgrootud lagundavad detriiti, süües suuremaid toiduosakesi ja purustades neid mehaaniliselt peenemateks osakesteks
grammidesse ruutmeetri kohta, samal ajal kui muude põhjaloomade elusmass kokku jääb enamasti vahemikku 1–50 g/m2. Tavalised on ka väheharjasussid, kaanid, vesilestad, vähkidest vesikakand ja kirpvähid. Madalas taimestikurikkas vees on põhjaloomastik vormirohke. Järvede sügavamas, taimede ta ja hapnikuvaeses osas on vähe liike põhjaloomi – surusääsklaste vastseid, järve-klaasiksääse vastseid ja mõningasi väheharjasusse, harvemini herneskarplasi jt. Mageveeselgrootutel on oluline tähtsus keskkonnaseisundi näitajatena ja kalade toiduna. Inimtoiduks kasutatakse Eestis jõevähki. Rändkarbi tühje kodasid on kogutud kodulindude söödaks. Meditsiinis on kasutatud nüüd juba haruldast apteegikaani ehk kirjukaani (looduskaitse II kaitsekategooria liik). Mitme vastsena vees elava kahetiivalise (sääsklaste, kihulaste jt) valmikud on vereimejad. Selgroogsed Eesti selgroogsete faunas on