ppGpp resistentsed RNA polümeraasi mutandid sisaldavad mutatsioone -subühikut kodeerivas rpoB geenis. Stabiilse RNA (rRNA ja tRNA) geenide transkriptsioon on ppGpp poolt inhibeeritud. Samas on ka ppGpp poolt positiivselt kontrollitavaid geene. Näiteks aminohapete biosünteesi ja C-allikate degradatsioonil osalevate operonide transkriptsioonitase suureneb ppGpp olemasolu korral. Promootorite puhul, mis on ppGpp poolt kas positiivselt või negatiivselt kontrollitud, jääb 10 heksameeri ja transkriptsiooni alguspunkti vahele nn. "diskriminaatorjärjestus". ppGpp negatiivse toime korral on diskriminaatorjärjestus GC-rikas, positiivselt reguleeritud geenide korral on see järjestus aga AT-rikas. Mutatsioonid selles piirkonnas võivad viia ppGpp-sõltumatule transkriptsioonile. rrn operonide transkriptsioonil mõjutab ppGpp ka transkriptsiooni elongatsiooni kiirust, põhjustades RNA polümeraasi peatumist spetsiifilistel järjestustel.
komplementaarne ahel 3’→ 5’ suunas. RNA-d sünteesitakse ju 3’ →5’ suunas. Sigmafaktor tagab seondumisel ühelt poolt seondumisjärjestuse spetsiifika ja kompleksi avatuse, teiselt poolt RNA polümeraasi vaheldumise. Koos sigmafaktoriga toimub promootori äratundmine, see on kiire protsess, toimub millisekunditega. Kui elongatsioon on alanud, siis toimub kiiresti. Promootorpiirkond vabaneb 1-2 sekundi jooksul. 45 Sigmafaktor tunneb ära kindla heksameeri ja määrab ära, mille pealt süntees toimub. Kahte ahelat nimetatakse + ja -. See ahel, mis on identse nukleotiidilise järjestusega kui sünteesitav mRNA on + ahel – kodeeriv ahel. – ahel on komplementaarne ahel, mille järgi sünteesitakse. See transkrptsiooni initsiatsiooniprotsess on prokarüootides küllaltki oluline. RNA polümeraasid Prokarüootidel on 1 aktiivne RNA polümeraas, eukarüootidel on neid 3. Prokarüootne RNA polümeraas. E
annaabi.ee 
