seljaaju, eriti kaela- ja nimmepaisumus (mõnedel dinosaurustel olid need isegi peaajust mahukamad). Peaaju ei ole võrreldes kahepaiksetega palju edasi arenenud, mitmeid erinevusi on siiski. Otsaju on pisut suurem, hästi on arenenud juttkeha. Aju külgedel on tekkinud kihilise ehitusega uusmantel, mille koor on juhteteede kaudu ühenduses nii nägemiskulglatega kui ka kogu kehaga. Haistefunktsioon on küll veel oluline (otsaju eesosas paiknevad suured haistesagarad), kuid mitte esmatähtis. Eriti hea on haistmine madudel, haisteepiteel paikneb nii ninakarbikute pinnal kui ka keelel. Vaheaju jääb osaliselt otsaju alla ning osaleb samuti nägemiserutuste töötlemisel (taalamus). Nägemine on suhteliselt hea, on tekkinud võime silma fokuseerida silmaläätse kuju muutes. Silmade kaitseks on tekkinud silmalaud. Osadel roomajatel esineb vaheaju ülemises osas nn pineaalelund, mis on valgustundlik. Keskaju on oma suurte nägemissagaratega endiselt peamine
anterioorsemast poolest Neuraaltoru ajutiselt avatud otsi nimetakse vastavalt anterioorseks neuropooriks ja posterioorseks neuropooriks 65. Kuidas toimub neuraaltoru dorsaalne/ventraalne polarisatsioon (BMP, SHH) Imetajate neuraaltoru anterioorsesse ossa moodustub esialgu kolm laienenud ajupõiekest: eesaju (Prosencephalon), keskaju (Mesencephalon) ja rombaju (Rhombencephalon). Hilisemas arengus jaguneb eesaju otsajuks (Telencephalon; suuraju, hippokampus, haistesagarad) ja vaheajuks (Diencephalon; silma vesiikulid, hüpotaalamus, taalamus). Rombaju omakorda tagaajuks (Metencephalon; väikeaju, ajusild ) ja piklikajuks (Myelencephalon) Dorsaalne-ventraalne polarisatsioon 36 Ventraalne osa on mõjutatud seljakeeliku mesodermis (notokordis) sekreteeritud signaalmolekulidest (nt Sonic hedgehog -SHH) ning dorsaalne osa epidermisest pärinevatest TGF-β perekonna valkudest