aastal, mil värskesse ülikooli astusid teiste seas sisse kaks loodusteaduse huvilist. Neid asus juhendama noor teadlane G. A. Germann, kelle eestvedamisel rajatigi ülikooli poolt ostetud maatükile esimene botaanikaaed. Kahjuks poldud aga arvestatud liigirikka aia jaoks vajalike tingimustega ning aed tuli üle viia uude kohta. Selleks sobis 1806. aastal ülikoolile annetatud krunt Emajõe ääres, mis erines eelmisest suurema pindala, mitmekesisema relfeefi ning allikate olemasolu poolest. Germanni suure töö ning innuka organiseerimise tulemusena kasvatati aias 1807-ks aastaks juba 2367 erinevat liiki taime ning 1810-ks aastaks koguni 4360. Pärast professori surma jäi botaanikaaed kaheks aastaks ilma juhatajata, kelleks 1811. aastal sai noor professor C. F. Ledebour. Viimase panusel kogus Tartu Botaanikaaed kuulsust, mitmekesistus taimeliikide valik, laienesid aia piirid ning asutati ka algne kasvuhoone troopikataimedele. Suuresti tänu Ledebouri teenetele kasvas aias 1827
kasvavatest puuliikidest. Tõenäoliselt pärinevad andmed eelkõige autori kodukoha ümbrusest, Rutikvere mõisast Põltsamaa lähedal. Eesti floora uurimine Tartu keiserliku ülikooli perioodil Aastad 1802-1852 (asjaarmastajate e. botanofiilide periood) 1802. aastal taasavati Tartu Ülikool. Esimeseks loodusloo professoriks ja botaanikaaia juhatajaks oli Gottfried Albrecht Germann, kes oli selles ametis aastatel 1802-1809. Germanni suurtööks oli botaanikaaia rajamine 1803. aastal. 1807. aastal avaldas ta ka botaanikaaia taimede loendi, milles on eraldi tähistatud Tartu ümbruses ja Eestimaa kubermangus looduslikult kasvavad liigid. 2 Botaanikaaia taimede loendi täiendatud trüki avaldas 1810. aastal aia õpetatud aednik Johannes Anton Weinmann. Loend sisaldab 4360 nimetust soontaimi, millest 509 kasvavad Tartu ümbruses ka looduslikult.