Integratsiooniks on vaja, et rakk kasvaks, aga HIVi ja teiste lentiviiruste cDNA võib tuuma ja tsütoplasmasse integreerimata rõngas-DNAna jääda, kuni rakk aktiveerub. Pärast integreerumist transkribeeritakse viiruse DNAlt kui raku geenilt peremehe RNA polümeraas II poolt, tekib täispikkusega RNA, milles lihtsatel retroviirustel on gag, gag-pol või env geenijärjestused. Täispikkusega genoomi transkriptid võivad assambleeruda uuteks virionideks. Kuna viirus käitub raku geenina sõltub tema replikatsioon viiruse DNA metüleerituse astmest ja raku kasvukiirusest, peamiselt aga raku võimest ära tunda LTRregiooni enhancereid ja promootoreid. Raku stimulatsioon vastusena teistele infektsioonidele, tsütokiinide või mitogeenide toimel toodab transkriptsioonifaktoreid, mis seostuvad LTRiga, võivad viiruse transkriptsiooni aktiveerida. Kui viirus kodeerib viiruse onkogeene, võib ta promoda rakukasvu, stimuleerida transkriptsiooni ja seega viiruse replikatsiooni
erinevad üksteisest eksonite sisalduse poolest (selle tulemusena saadakse erinevate omadustega polüpeptiidid). Hiljem lisandus teave, et erinevaid antikehi (immunoglobuliine) kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena. Alternatiivne splaissing Juhul, kui splaissingu tulemusena tekivad erinevad eksonite kombinatsioonid, mis kodeerivad erinevate omadustega valke (alternatiivne splaissing), käsitletakse geenina nukleotiidset järjestust, mis moodustab ühe transkriptsioonilise üksuse ja kodeerib erinevaid, omavahel suguluses olevaid valke, valgu isovorme. Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on
erinevad üksteisest eksonite sisalduse poolest (selle tulemusena saadakse erinevate omadustega polüpeptiidid). Hiljem lisandus teave, et erinevaid antikehi (immunoglobuliine) kodeerivad järjestused saadakse erinevate geenisegmentide kombineerumise tulemusena. Alternatiivne splaissing Juhul, kui splaissingu tulemusena tekivad erinevad eksonite kombinatsioonid, mis kodeerivad erinevate omadustega valke (alternatiivne splaissing), käsitletakse geenina nukleotiidset järjestust, mis moodustab ühe transkriptsioonilise üksuse ja kodeerib erinevaid, omavahel suguluses olevaid valke, valgu isovorme. Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on
satu, siis tsütoplasmaga kaasa saadud toksiin-antitoksiini paarist laguneb antitoksiin suhteliselt kiiresti ning toksiin tapab bakteriraku. Sedasi kontrollib plasmiid enda edasipärandumist. Tänaseks on leitud, et nii eubakterite kui arhede kromosoomid sisaldavad toksiin-antitoksiin süsteeme ning on olulised rakkude metabolismi kiiruse reguleerimisel ning autolüüsi indutseerimisel. Tihti asuvad antitoksiini ja toksiini geenid ühes operonis, antitoksiin esimese geenina. Tavaliselt on operon positiivselt autoreguleeritud antitoksiiniga, samas kui toksiin käitub repressorina. Tihti jaotatakse süsteemid kaheks (mõnikord viieks). Tüüp I korral inhibeerib antitoksiini antisens-RNA toksiini geeni ekspressiooni ning tüüp II korral antitoksiin neutraliseerib toksiini valguna. Toksiin-antitoksiin süsteemid ei pea olema letaalse efektiga bakterile. Mõned süsteemid pärsivad bakterite metabolismi. Näiteks RelBE (leidub andmeid
annaabi.ee 
