Siseauditi ülesandeks on anda töötukassa juhtorganitele kindlustunnet, et organisatsiooni tegevused on kooskõlas arengukava ja strateegiatega ning rakendavad juhtumis- ja kontrollmeetmeid nõutaval viisil. Siseauditi funktsiooni täidab töötukassas auditinõunik ning vajadusel kaasatakse väliseid siseaudiitoreid, nt 2011 aastal teostas Euroopa Kontrollkoda kahel korral kontrolltoiminguid. Samuti kontrollib riigikontroll ja finantskontrolliosakond rahandusministeeriumist. Leian, et töötukassas on kõik läbipaistev ja kuluefektiivne, kuna kõik tegevus on läbipaistev ja lihtsalt kontrollitav. Nii suurel ja avalikul 4 organisatsioonil ei saa tekkida varjatud kulusid ja raha kõrvale panekut. Sest on pideva kontrolli all ja kõik protsessid arutatakse läbi, kinnitatakse. 2. Kas ollakse humaanne, kontrollitav ja liigse bürokraatiata? On tihedat koostöös tööandjatega, et oleks vahendada võimalikult palju töökohti, et
(Tallina Ülikool 2012). Aastaaruande koostamisel järgitud Eesti hea raamatupidamistava nõudeid, mida kinnitavad oma kontrollides auditid. Siseauditi funktsiooni täidab töötukassas auditinõunik ning vajadusel kaasatakse väliseid siseaudiitoreid. Siseauditi ülesandeks on anda töötukassa juhtorganitele kindlustunnet, et organisatsiooni tegevused on kooskõlas arengukava, strateegiatega ja seadustega. Samasuguseid asjaolusid kontrollib omakorda veel riigikontroll ja finantskontrolliosakond rahandusministeeriumist. (Eesti Töötukassa...2012:9) Audiitori kohustus on kinnitada raamatupidamise paikapidavust ja vastavust headele tavadele. Asjaolu, et audiitori arvamus ei ole avalikustatud tekitab kõhklusi ka läbipaistvuse osas. Samas on majandusaasta aruande juhtimise lõigus toodud ära auditite tulemused. Olulisemad auditid 2012. aastal olid teostatud töötukassa enda siseauditi, Riigikontrolli ja Rahandusministeerimui poolt.