Tartus ja Narvas. Sama saatus tabas ka Tartu frantsisklasi. Ülejäänud kaheksa kloostrit tegutsesid edasi tänu vasallkonna ja Liivi ordu protektsioonile kuni lõpetasid oma tegevuse nimetatud sõja käigus. Kõige kauem (1629. aastani) tegutses täielikult vasallide tütarde varjupaigaks ja kasvatusasustuseks reorganiseeritud Miikaeli nunnaklooster Tallinnas. Eesti suurim ja vanim kloostrikeskus oli Kärkna (Falkenau), mis paiknes Emajõe lähistel Amme jõe ääres. Kloostri rajas Tartu piiskop Hermann, seetõttu oli klooster üsnagi tihedalt seotud piiskop ja tema vasallidega. Pea sada aastat hiljem kui Kärknat asuti rajama tsisterlaste linnuskloostrit Padisel (Padis). 1305. aastal saadi Taani kuningalt Erik Menvedilt ehitusluba, et rajada klausuur (kinnine sisehoovi ja nelja tiivaga kloostrihoone, kus elatakse oma reeglite järgi ja kuhu ei lasta
Linna kui terviku sissetulekuallikaid, aka maj tegevuse alused peavad säilima. Kõikvõimalikud privileegid pidid säilima, rae linnaõiguse säilimine. Võimalik lapsi saata saksamaale õppima või võtta naisi saksamaalt ning anda oma naisi saksamaale. Linlased võisid vabalt lahkuda, kui nad ei soovi võimu alla jääda, vara võis kaasa võtta. Rae poolel 34 punkti allaandmistingimustes. Piiskopi osa all olev toomkapiitel ( 12 punkti). I punkt puutus Herman II saatust. Pidi asuma Falkenau kloostrisse(tp Kärtna klooster). Toomkapiitli liikmed pidid säilitama oma varad ja majad. Sooviti, et katolik usk säiliks. Kõik kes soovisid katoliiklasteks jääda jäid piiskopi jurisdiktsiooni alla Varasid ei tohtinud konfiskeerida, piiskopi võimu all olevaid inimesi ei tohtinud venemaale saata, kuid piiskop võis saata vajadusel inimesi tsaari ette. Suiski tutvus nendega, pidi saatma tsaarile need kinnituseks. 18 juuli toimubki Tartu linna võtmete pidulik üleandmine Suiskile