Stabiliseeriva toime seisukohalt on oluline, et nende ette ei jääks üksikahelalist ala. mRNA-d stabiliseerivad ka molekuli 3' otsas mittetransleeritavasse alasse jäävad juuksenõelastruktuurid. Arvatakse, et eksonukleaaside kinnitumiseks 3' otsale on vaja üksikahelalist ala vahetult molekuli otsas. Lisaks võib mRNA 3' otsast sissepoole jääv sekundaarstruktuur nii stabiilne olla, et takistab eksonukleaasil mRNA edasist degradeerimist. REP järjestused REP Repetitive Extragenic palindromic sequences, võivad mood sekundaarstre. Pakinevad geenide vahel. Kui moodustub vahetult geeni lõpus siis võiks kaitsta 3' 5' degradeerimise eest. Osadel juhtudel on näidatud, et mRNA-d 3´otsast stabiliseeriva toimega REP järjestuses. Translatsioon RBS-i maskeeriv sekundaarstruktuur tekib mRNA enda järjestuse baasil. mRNA translatsiooni aktiveerib regulatoorne RNA, valk või temperatuuri tõus, mis harutab juuksenõela lahti ja vabastab RBS-i.
mRNA-d stabiliseerivad ka molekuli 3' otsas mittetransleeritavasse alasse jäävad juuksenõelastruktuurid. Arvatakse, et eksonukleaaside kinnitumiseks 3' otsale on vaja üksikahelalist ala vahetult molekuli otsas. Lisaks võib mRNA 3' otsast sissepoole jääv sekundaarstruktuur nii stabiilne olla, et takistab eksonukleaasil mRNA edasist degradeerimist. 16 REP järjestused REP järjestused on lühend inglisekeelsest terminist "Repetitive extragenic palindromic sequences". Need on kõrgelt konserveerunud pöördkordusjärjestused, mis võivad mRNA-s olla aluseks juuksenõelastruktuuride moodustumisele. E. coli genoomis on REP järjestusi 500 - 1000 koopiat (1% genoomist). mRNA-dest sisaldab REP järjestusi 25%. Enamasti asuvad nad geenidevahelistes alades. Mõnedel juhtudel (näiteks his ja mal operonid, mis on vastutavad histidiini ja maltoosi transpordi eest) on REP järjestustel mRNA-d stabiliseeriv toime
annaabi.ee 
