põhjasette sees, selle pinnal või veekogu põhjas olevatel esemetel ja veetaimedel Võrtsjärves on enim uuritud vaid makrozoobentost loomi, kelle pikkus on üle 1 2 mm, sest neid saab ka palja silmaga näha Submikroskoopiliste, väikseimate hulkraksete loomade (meiobentose) ja üherakuliste põhja zooprotistide (mikrozoobentose) kohta andmed puuduvad PÕHJALOOMASTIK Domineerivad põhiliselt eutroofsetele järvedele iseloomulikud rühmad: surusääsklased ehk hironomiidid ja väheharjasussid ehk oligoheedid. Põhjaloomade üldine arvukus on aga oluliselt vähenenud. Surusääsklased on Võrtsjärve põhjaloomastikus liigirikkaim. Nende vorme on järves eristatud umbes 150. Surusääsklaste vastsed ja nukud moodustavad arvuliselt üle poole Võrtsjärve makrozoobentosest Väheharjasusse on järves ligikaudu 54 liiki
Vesi vahetub ligikaudu 2 aasta jooksul. Tugev tuul tekitab järske ja lühikesi laineid (kõrgus harilikult alla 1,5 m, üliharva kuni 2,8 m). Hoovusi põhjustab peamiselt tuul, märgata on neid eriti Lämmijärves. Vee temperatuur on suvel pinnakihis ranna lähedal kuni 26, avajärvel kuni 22 °C; temperatuuri ja hapniku kihistumine on vähene, hapnikuolud aasta ringi head. Jääkate püsib harilikult detsembrist aprilli lõpuni, jää paksus on 50–60 cm. Peipsi planktonis on rohkesti eutroofsetele veekogudele omaseid liike. Taimhõljum on liigirikas (ligi 800 liiki) ja tema biomass oli 1970. aastateni suur (kuni 90,7 g/m3). Loomhõljumis on umbes 145 liiki, esindatud on keriloomad, vesikirbulised, aerjalalised ja limused. Põhjaloomi on umbes 360 liiki, ülekaalus on surusääsklaste vastsed, väheharjasussid ja limused. Põhjaloomade keskmine hulk (ilma suurte karpideta) on 2637 isendit 1 m2 kohta. 1930. aastail Peipsisse sattunud rändkarp on praegu väga arvukas