Kokku kaasati küüditamisaktsiooni läbiviimiseks üle 76 000 inimese, kellest valdava osa moodustasid kohalikud nõukogude aktivistid. Väljasaadetavate tabamiseks moodustati Eestis 1987 operatiivgruppi ning nähti ette 16 pealelaadimispunkti ja 19 esheloni moodustamine. Hoolikalt ettevalmistatud operatsioon loodeti läbi viia ühe päevaga. Eestis algas küüditamine 25. märtsi varahommikul. Väljasaadetavate toomine laadimispunktidesse kujunes algul väga aeglaseks ning eshelonide komplekteerimine ja inimeste pealelaadimine venis kuni 29. märtsini. Ettenähtud plaani mittetäitmise hirmus haarasid operatiivgrupid kaasa isikuid, keda polnud küüditamisnimekirjadesse kantudki, sageli aeti kodudest välja vanurid, raskesti haiged ja vanemateta alaealised lapsed. Väljasaadetavad koos nende väikese pagasiga anti laadimispunktides üle julgeolekutöötajast komandandile. Pärast isikuandmete kontrollimist paigutati küüditatavad mitmekümne kaupa raudteel
Küüditati kaks korda rohkem inimesi kui 1941. aastal. Küüditamine murdis talupidajate vastupanu. Kartes uut küüditamist, hakkasid talupojad kolhoosidesse astuma tervete külade ja valdade kaupa. Vaibus ka metsavendade liikumine, sest talupidajate sundliitmisega kolhoosidesse oli inimestel vähem võimalusi metsavendi toetada. Eestis algas küüditamine 25. märtsi varahommikul. Väljasaadetavate toomine laadimispunktidesse kujunes algul väga aeglaseks ning eshelonide komplekteerimine ja inimeste pealelaadimine venis kuni 29. märtsini. Ettenähtud plaani mittetäitmise hirmus haarasid operatiivgrupid kaasa isikuid, keda polnud küüditamisnimekirjadesse kantudki, sageli aeti kodudest välja vanurid, raskesti haiged ja vanemateta alaealised lapsed. Väljasaadetavad koos nende väikese pagasiga anti laadimispunktides üle julgeolekutöötajast komandandile