Koos orgaaniliste ja mineraalsete saasteainetega muutub ka mikrofloora liigiline koostis ning välistatud pole isegi patogeensete esinemine. Nakkusohtu suurendab see, et paljud neist, näiteks soolte haiguste tekitajad, võivad säiluda vees pikemat aega (nädalaid, kuid) eluvõimelistena. Seega lahtiste veekogude vee tarbimine joogiveena ilma puhastamata on ohtli Joogivesi. Joogivesi peab olema heade organoleptiliste omadustega ja ei tohi olla ohtlik tervisele epideemilises mõttes ega keemilise koostise poolest. Kõige rohkem vastavad nendele nõuetele puurkaevude veed, mis harilikult ei vaja puhastamist. Lahtiste veekogude veed vajavad töötlust, et parandada nende füüsikalisi ja keemilisi omadusi ning vabastada nad mikroobidest. Joogivee puhastus. See seisneb mitmes etapis. Esmalt eemaldatakse veest settebasseinides raskemad osakesed. Sadestamise efektiivsuse tõstmiseks ja
Vee ülemistes kihtides on mikroobe rohkem kui põhjakihtides. Väga rikkalik on aga mikrofloora mudas, erit veel selle ülemistes kihtides, kus moodustub bakteritest nn. "biokile". Seal toimuvad ainete muundumise põhilised protsessid. Vee keemiline koostis ja mikroobide sisaldus muutub oluliselt kui sinna satub kas olme- või tööstusettevõtete heitvett Joogivesi. Joogivesi peab olema heade organoleptiliste omadustega ja ei tohi olla ohtlik tervisele epideemilises mõttes ega keemilise koostise poolest. Kõige rohkem vastavad nendele nõuetele puurkaevude veed, mis harilikult ei vaja puhastamist. Joogivee omaduste hinnang. Hinnatakse vee keemilisi, organoleptilisi ja mikrobioloogilisi näitajaid. Joogivesi peab vastama standardis EVS 663:1995 kehtestatud nõuetele. Vastavalt sellele peab joogivesi olema epidemioloogiliselt ohutu, keemiliselt ja radioloogiliselt ning organoleptiliselt ja üldreostusnäitajate poolest vähemalt rahuldav