Segaste aegade tõttu jäi kirik uuesti lagunema ning seisis aastaid tühjana. Mõni aeg kasutati pühakoda viljalaona, vahepeal plaanitseti sinna isegi ujula rajamist. 1971. aastal alustati kiriku restaureerimist. Hoone taheti muuta kontserdisaaliks. Demokraatiaajastu saabudes otsustas riik kiriku tagastada kogudusele ja võtta see uuesti kasutusele pühakojana. 1990. aasta jõulude ajal peeti esimene jumalateenistus. 1992. aasta emadepäeval pühitseti ristimiskabelis Emaaltar, mälestamaks nõukogudeaegse genotsiidi läbi hukkunud Eesti emasid. Altari tellis arst Heino Noor, kelle ema küüditati Siberisse. Altari madonna ja lapse kuju valmistas skulptor Hille Palm. Koos kirikuga moodustab linnus ühtse terviku, mis tänapäeval multifunktsionaalselt kasutuses. Siin peetakse kontserte ja vabaõhuetendusi, saab laiendada silmaringi muusuemis, käia vaateplatvormidel ja tornides. Lastele on rajatud kaasaegne mänguväljak ning pakutaks erinevaid programme linnuses.
üleminekuaja nähtus. Romaani stiilile viitab seinapiilarite kapiteelidel kujutatud taimornament, gooti stiili märgiks on teravkaarvõlvid. Kirik on aegade jooksul kõvasti kannatanud -- endisaegne interjöör hävinud, mitmel korral katus maha põlenud, mitmel korral on kirik lausa varemetes olnud. Viimane suurem restaureerimine algas 1960ndatel aastatel. Ristimiskabelis asub ristimiskivi (Joachim Winter 1634) ning skulptor Hille Palmi loodud Emaaltar. Ristimiskabeli aknale ilmuvat igal aastal augusti täiskuuöödel saladuslik Valge Daam. Põhjapoolse taastatud käärkambri juurest viib trepp kiriku võlvidele. ( http://kirikud.muinas.ee/?page=2&page=212 ) 5.5 Haapsalu Jaani kirik Haapsalu Jaani kirik(Lisa 6)Eesti vanema kirikuarhitektuuri traditsioone järgiv sakraalhoone. Esmamainimine 1524 Nikolai kirikuna. Arvatavalt ümber ehitatud keskaegsest aidast, orienteeritud seetõttu erandlikult põhja-lõuna suunaliselt
annaabi.ee 
