konformatsiooni ja aktiivsust. Madalal hapniku kontsentratsioonil toimub NifA autoregulatsioon nifA geeni transkriptsiooni tasemel. Valgud FixL ja FixJ moodustavad kahekomponendilise regulaatorsüsteemi, mis aktiveerib märklaud- geenid madala hapniku kontsentratsiooni tingimustes. FixL on hapniku sensoriks. Tegemist on hemoproteiiniga, mis autofosforüleerub tingimustes, kus hapnikku on vähe. Seejärel fosforüleerib FixL efektorvalgu FixJ, mis omakorda aktiveerib nifA geeni transkriptsiooni. Sama valk aktiveerib ka fixK geeni transkriptsiooni. fixK kodeerib osade fix geenide transkriptsiooni aktivaatorit. NifA C-terminaalne domeen sisaldab "helix-turn-helix" motiivi, mille abil NifA seondub tema poolt reguleeritavate promootorite transkriptsiooni initsiatsioonisaidist 100 bp ülespoole UAS (upstream activating sequence) järjestustele. Valgu keskmine domeen vastutab RNA polümeraasiga seondumise ja ATP hüdrolüüsi eest
tasemel. Kuigi üks ja sama stressistiimul on võimeline mõjutama korraga paljude erinevate geenide ekspressioonitaset, täheldatakse antud stimuloni kuuluvate geenide avaldumises hierarhiat. Hierarhia on 2 tagatud reguleeritavate geenide transkriptsiooni kontrollivate regulaatorvalkude seondumissaitide erineva afiinsuse kaudu. Stressi tunnetamiseks on mitmeid viise. Valdavaks viisiks on spetsiifilise efektorvalgu aktiivsuse muutmine selle fosforüleerimise/defosforüleerimise kaudu. Sageli vallandub signaali ülekanne kahekomponendiliste regulaatorsüsteemide kaudu. Esmane sensorvalk seondub kas väikese efektormolekuliga või tunnetab muutusi füüsikalistes parameetrites nagu näiteks pH või temperatuur. Alarmoonid on väikesed molekulid, mida rakk sünteesib vastusena muutustele keskkonnatingimustes. Näitena võib tuua cAMP, ppGpp ja AppppA sünteesi või siis K-glutamaadi akumuleerumise