Efektormolekulita regulaatorvalk ei represseeri transkriptsiooni, transkriptsioon toimub. Sellisel juhul regulaatrovalku nimetatakse aporepressoriks ning efektormolekuli korepressoriks. Näiteks trüptofaani biosüntees regulaator TrpR seondub trüptofaaniga ning seejärel seondub trp operoni promootoralaga ning pärsib transkriptsiooni. 2. Regulaatorvalk on efektormolekulita aktiivne, seondub DNA-ga 2.1. Positiivne kontroll. Regulaator aktiveerib transkriptsiooni efektormolekulita. Efektormolekuliga seondudes transkriptsiooni ei toimu. Regulaatorvalku nimetatakse aktivaatoriks, efektormolekuli inhibiitoriks. 2.2. Negatiivne kontroll. Regulaatorvalk represseerib transkriptsiooni kui pole seondunud efektormolekuliga. Efektormolekuliga seondudes regulaatrovalk ei represseeri enam transkriptsiooni. Regulaatrovalku nimetatakse repressoriks ning efektormolekuli induktoriks. Näiteks LacI seondumine lacZYA operonile pärsib RNAP seondumise promootoralale. LacI seondumine allolaktoosiga
Hierarhia on 2 tagatud reguleeritavate geenide transkriptsiooni kontrollivate regulaatorvalkude seondumissaitide erineva afiinsuse kaudu. Stressi tunnetamiseks on mitmeid viise. Valdavaks viisiks on spetsiifilise efektorvalgu aktiivsuse muutmine selle fosforüleerimise/defosforüleerimise kaudu. Sageli vallandub signaali ülekanne kahekomponendiliste regulaatorsüsteemide kaudu. Esmane sensorvalk seondub kas väikese efektormolekuliga või tunnetab muutusi füüsikalistes parameetrites nagu näiteks pH või temperatuur. Alarmoonid on väikesed molekulid, mida rakk sünteesib vastusena muutustele keskkonnatingimustes. Näitena võib tuua cAMP, ppGpp ja AppppA sünteesi või siis K-glutamaadi akumuleerumise tsütoplasmasse vastusena osmootsele stressile. Kuna alarmoonid sünteesitakse tsütoplasmas, peavad signaalid väliskeskkonna muutustest eelnevalt sinna jõudma. Spetsiaalseid vaheülekandjaid pole signaali