Horisontaalne geeniülekanne Hübridisatsioon Rekombinatsioon 19. Iseloomustage homoloogsete geenide tüüpe (orto-, para- ja ksenoloogsed geenid). Milliseid neist eelistatakse fülogeneesipuu konstrueerimisel ja miks? Ortoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud liigitekke teel ühisest eellasgeenist. Ehk geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ÜHEST geenist nende liikide viimases ühises eellases. Liikidevaheliste genealoogiliste suhete rekonstrueerimiseks tuleb võrrelda ortolooge. Paraloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud eellasgeeni duplitseerumise tulemusel. Paraloogid on samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Vt küs.10. Ksenoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud horisontaalse geeniülekande tulemusena. DNA evolutsiooni mudelid 20
populatsioonist välja, teised aga fikseeruvad. Fikseeruminse tõenäosus suureneb ajaga. Samas millised neist fikseeruvad on täiesti juhuslik. Harvad alleelsed variandid reeglina kaovad. Aeg, millest sõltub alleeli fiks/kadu on seotud populatsiooni efektiivse suuruse ja tegeliku alleeli sagedusega genofondis. Neutraalsete mutatsioonide sageduste alusel hinnatakse aega, mil kaks populatsiooni või liiki on lahknenud ühisest eellases. Tasakaal mutatsioonide ja geeni triivi vahel: Mutatsioonid suurendavad, geeni triiv vähendab geneetilist varieerumist. Nii nimetatud lõpmatu alleelide mudel väidab, et mutatsioonid ja geeni triiv tasakaalustuvad kui tasakaalustub heterosügootide arv. Mudeli eeldused: Eeldame, et mutatsioon loob uue alleeli, mida enne olnud ei ole (samas tõenäosus, et kas muatsiooni põhjustavad sama alleeli tekke on lõpmatult väike). Eeldame, et geeni triiv töötab normaalselt
valgustruktuuris muutusi. DNA järjestuse võrdlemine: võrreldakse neljast nukleotiidist koosnevaid järjestusi. Järjestuse homoloogia alusel jagatakse perekondadesse ja superperekondadesse. Geenid jagatakse järjestuse ja funktsiooni alusel: homoloogilised – sarnane järjestus ja funktsioon paralood – sarnane järjestus, erinev funktsioon nt pseudogeenid ortoloog – geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ühest geenist nende liikide viimases ühises eellases. Geenide võrdlemisel on oluline leida lõigud, mis on suure homoloogiaga (mitte üldpilt). Eriti oluline valgu geenide võrdlemisel. Valkudes on järjestuse motiivid, perekondade piires konserveerunud järjestuse elemendid, mis koosnevad lühikestest lõikudest, aga need lõigud peavad olema kindlas järjestuses. Pööratud geneetika – järjestuse võrdlemise alusel on võimalik tundmatu funktsiooniga geenile ennustada tema produkti võimalikku funktsiooni. Otsib
annaabi.ee 
