arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võrrelda tulemusi. 2. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme. a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste
cgggaactcaaaggagactgccagtgataaactggaggaaggtggggatgacgtcaagtc atcatggcccttacgaccagggctacacacgtgctacaatggcgcatacaaagagaagcg acctcgcgagagcaagcggacctcataaagtgcgtcgtagtccggattggagtctgcaac tcgactccatgaagtcggaatcgctagtaatcgtggatcagaatgccacggtgaatacgt tcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtgggttgcaaaagaagtaggt agcttaaccttcgggagggcgcttaccactttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaa caaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctcctta 2. Escherichia coli O157 EDL933 http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ece:Z0213 >ece:Z0213 rrsH; 16S ribosomal RNA; K01977 16S ribosomal RNA (N) aaattgaagagtttgatcatggctcagattgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaa gtcgaacggtaacaggaagaagcttgcttctttgctgacgagtggcggacgggtgagtaa tgtctgggaaactgcctgatggagagggataactactggaaacggtagctaataccgcat aacgtcgcaagaccaaagagggggaccttcgggcctcttgccatcggatgtgcccagatg ggattagctagtaggtggggtaacggctcacctaggcgacgatccctagctggtctgaga ggatgaccagccacactggaactgagacacggtccagactcctacgggaggcagcagtgg
tulemusi ei leita, muuta otsingu parameetreid NCBI juhendid). i. Viirused Vastus: gi|39163649|ref|NP_945128.1| replicase [Johnsongrass chlorotic stripe mosaic virus] 31.6 11 ii. Archaea Vastus: gi|118753375|ref|ZP_01601187.1| Triose-phosphate isomerase [Metallosphaera sedula DSM 5348] 55.1 3e-07 iii. Bacteria Vastus: gi|15804508|ref|NP_290548.1| triosephosphate isomerase [Escherichia coli O157:H7 EDL933] 498 2e-139 iv. Fungi Vastus: gi|50424135|ref|XP_460653.1| hypothetical protein DEHA0F07436g [Debaryomyces hansenii CBS767] 209 5e-53 v. Protozoa Vastus: gi|71662494|ref|XP_818253.1| triosephosphate isomerase [Trypanosoma cruzi strain CL Brener] 187 2e-47 vi. Taimed Vastus: gi|1351271|sp|P48496|TPIC_SPIOL
annaabi.ee 
