genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1. MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme: a. DNAPARS b. DNAPENNY c. DNAMOVE d. Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE). Joonistamisel tuleb valida Bitmapi formaat resolutsiooniga 640 ja 400. 2. Kaugusmeetodite kasutamisel moodustada kõigepealt kaugusmaatriks kasutades DNADIST ning puud arvutada järgmiste programmidega: a. FITCH b. KITSCH c
021879 3 spt_SPA025 0.003539 3 stm_STM024 0.015122 2 sfl_SF4435 0.004826 1 ece_Z0213 0.000644 1 eco_b0201 0.000644 Kristina Raud YAGB-41 060290 b. DNAPENNY Penny algorithm for DNA, version 3.66 branch-and-bound to find all most parsimonious trees requires a total of 82.000 One most parsimonious tree found: +-----------eco_b0201 ! ! +--stm_STM024 1 +--3 ! +--2 +--spt_SPA025 ! ! ! +--4 +-----sfl_SF4435 ! +--------ece_Z0213 remember: this is an unrooted tree! c. DNAMOVE (spt_SPA025,(stm_STM024,(sfl_SF4435,(ece_Z0213,eco_b0201))));
annaabi.ee 
