Oligomeeride sagedused – kasutada võib kogu genoomi järjestust, ainult kodeerivaid järjestusi või valkude AH-lisi järjestusi. Ainult üks parameeter – oligomeri pikkus K. Homolooge pole vaja tuvastada, järjestusi pole vaja joondada. Oligomeeride sageduste põhjal arvutatakse distantsmaatriks. Puu konstrueerimiseks kasutatakse distantsmeetodeid. Geenide sisaldus genoomis – puud konstrueeritakse distantsmeetoditega: liikide evolutsioonilist kaugust hinnatakse jagatud ortoloogsete geenide osakaalu põhjal. Või säästumeetodiga: taksonile omistatakse skoor vastavalt homoloogsete geenide olemasolule. Geenide järjekord genoomis – korreleerub organismide evolutsioonilise kaugusega. Liikide evolutsioonilist kaugust hinnatakse geenide järjekorra muutmiseks vajaliku ümberkorralduste arvuga.
puud. Mutatsioonide arv puul nimetatakse puu pikkuseks. Rekonstrueeritakse ka eellasseisundid. Distantsmeetod lähtub eeldusest, et need kelle viimane ühine eellane elas hiljem, on sarnasemad kui need kelle oma elas varem. Otsib puud, mille korral kokkulangevus vaadeldavate distantside ja puu distantside vahel oleks suurim. 7. Mida tähendavad i) paralleelne muteerumine, ii) mutatsiooniline küllastumine? Tee joonised. Kuidas need mõjutavad distantsmeetoditega fülogeneesi rekonstrueerimist? i) paralleelne muteermine positsioonilised homoloogilised nukleotiidid võivad olla identsed konversiooni tõttu. ii) mutatsiooniline küllastumine ühes ja samas nukleotiidipositsioonis on toimunud mitu asendust. Aja jooksul selline küllastumine kasvab. Mida kauem aega tagasi toimus lahknemine, seda enam erineb vaadeldud erinevuste arv - vaadeldud erinevuste arv hindab alla tegelikku evolutsioonilist muutust
annaabi.ee 
