kasutades mingit optimaalsuskriteeriumit. Võimaldavad hinnata iga puu sobivust andmetele. Võimaldavad võrrelda konkureerivaid hüpoteese/puid. Kuid on arvutuslikult väga kallid ning optimaalse puu leidmiseks pole teada tõhusaid algoritme. Suurema arvu järjestuste korral pole parima puu leidmine garanteeritud. 30. Iseloomustage kaalumata paaride meetodit aritmeetilise keskmisega (UPGMA). UPGMA meetod on distantsmeetod, mis kasutab klasterdamisalgoritmi. UPGMA eelduseks on, et puu on ultrameetriline ehk juurest kõigi tippudeni peab harudepikkuste summa olema sama. Eeldab, et evolutsiooni kiirus on konstantne üle kogu puu. 31. Võrrelge minimaalse evolutsiooni (minimum evolution) ja naabrite ühendamise (neighbour joining) meetodit. Minimaalse evolutsiooni meetod on distantsmeetod aditiivsete puude konstrueerimiseks. Optimummeetod, mis valib kõige lühema puu.
5. Defineeri mõisted: homoloogsed, ortoloogsed ja paraloogsed geenid. homoloogsed geenid geenid, mis on evolutsioneerunud ühisest eellasgeenist ja mille nukleotiidiline järjestus on suures osas sarnane ortoloogsed geenid homoloogsed geenid, mis esinevad erinevatel liikidel paraloogsed geenid homoloogsed geenid, mis esinevad sama liigi eri isenditel 6. Selgita, mille poolest erinevad omavahel säästumeetod ja distantsmeetod fülogeneesi rekonstrueerimisel? Säästumeetod otsib puud, millel on kõige vähem mutatsioone ehk antud juhul kõige lühemat puud. Mutatsioonide arv puul nimetatakse puu pikkuseks. Rekonstrueeritakse ka eellasseisundid. Distantsmeetod lähtub eeldusest, et need kelle viimane ühine eellane elas hiljem, on sarnasemad kui need kelle oma elas varem. Otsib puud, mille korral kokkulangevus vaadeldavate distantside ja puu distantside vahel oleks suurim. 7
annaabi.ee 
