12 LIISI KINK 13 VIROLOOGIA tundi peale infektsiooni ja langeb allapoole detekteeritavat taset ca 12 tundi peale infektsiooni algust. Varajased transkriptsiooni produktid on üheaegselt nii: - translatsioonil mRNAdeks (varajased mRNAd on capeeritud) kui ka - maatriksiks negatiivse ahela sünteesil (see protsess toimub uutes kapsiidides!). Sageli (kuid mitte alati) täheldatakse kõigepealt nn. "varajaste" transkriptide (L1, M3, S3 ja S4) sünteesi ja mõningatel juhtudel on täheldatud, et ülejäänud kuue transkripti süntees on sõltuv
temperatuuristress. Regulatsioon nukleoidi valkudega Nukleoidi kokkupakkimine on ajas muutuv. Geeniekspressioon varieerub kromosoomi piirkondades ja on seotud kromosoomi topoloogiaga. DNA-ga on üle genoomi pidevalt seondunud ligikaudu 10 valku, mille hulk varieerub rakus kasvufaas-sõltuvalt. Need valgud muudavad nii lokaalselt kui ka globaalselt kromosoomi struktuuri ja osalevad sel viisil globaalses geeniregulatsioonis. Statsionaarses faasis pole peaaegu detekteeritavat Fis valku, ei toimu ribosomaalsete RNA geenide ekspressiooni. Dps-i hulk suureneb 30 korda statsionaarses faasis. Lisaks üleüldistele muutustele DNA superspiralisatsioonis (näiteks statsionaarse faasi rakkudes suureneb negatiivne superspiralisatsioon) ja DNA kompaktsuse astmes mõjutab transkriptsiooni regulaatorite seondumisefektiivsust DNA-le ka spetsiifiliste DNA regioonide lokaalne konformatsiooni muutus.