Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal. Mujal genoomi piirkondades on CpG dinukleotiidi vähe, sest sellise dinukleotiidi tsütosiin metüleeritakse (replikatsioonijärgselt aitab eristada värskelt sünteesitud DNA ahelat vanast ahelast). Ekspresseeruvate geenide promootorpiirkondi ei metüleerita. Metüleeritud tsütosiin allub kergesti spontaansele desamineerimisele, tekib tümiin (reparatsiooniensüüm tümiin-DNA-glükosülaas eemaldab vigasest T/G paarist T väga väikese efektiivsusega) seega jääb alles väga väike osa CpG järjestustest. Seetõttu on CpG dinukleotiid evolutsiooniliselt säilunud ainult seal, kus tsütosiin ei ole metüleeritud, st ekspresseruvate geenide promootorpiirkondades. TSÜTOSIIN 5-METÜÜLTSÜTOSIIN TÜMIIN
Tavaliselt leidub CpG saarekesi (eriti koduhoidja-)geenide transkriptisooni alguspunktides või nende lähedal. Mujal genoomi piirkondades on CpG dinukleotiidi vähe, sest sellise dinukleotiidi tsütosiin metüleeritakse (replikatsioonijärgselt aitab eristada värskelt sünteesitud DNA ahelat vanast ahelast). Ekspresseeruvate geenide promootorpiirkondi ei metüleerita. Metüleeritud tsütosiin allub kergesti spontaansele desamineerimisele, tekib tümiin (reparatsiooniensüüm tümiin-DNA-glükosülaas eemaldab vigasest T/G paarist T väga väikese efektiivsusega) seega jääb alles väga väike osa CpG järjestustest. Seetõttu on CpG dinukleotiid evolutsiooniliselt säilunud ainult seal, kus tsütosiin ei ole metüleeritud, st ekspresseruvate geenide promootorpiirkondades. Selleks, et eraldada selliseid saari ülejäänud genoomi suuresti A-T rikastest piirkondadest oleks sobiv