Faagid on aga „elusad“ organismid, mis on võimelised evolutsioneeruma. Kui mõnes bakteris tekib resistentsus mõne kindla faagi suhtes, siis võivad toimuda selles faagis mutatsioonid, mis võimaldavad ületada tekkinud resistentsuse barjääre. Näiteks kui tekivad mutatsioonid bakterite endonukleaasides, mille tõttu lagundatakse bakterisse sattunud faagi DNA, siis võivad faagis vastukaaluks tekkida mutatsioonid DNA-s, mille tõttu ei ole enam bakterite endonukleaasid võimelised degradeerima faagi DNA-d (Carlton, 1999). Uute faagisüsteemide arendamine on palju odavam kui uute antibiootikumide välja töötamine ning erinevalt antibiootikumidest, ei mõjuta faagid ning nende produktid eukarüootseid rakke. Seega kõrvalmõjusid esineb faagiteraapias vähem kui antibiootikumidega ravimisel (Matsuzaki, 2005). Bakteriofaagide genoomide modifitseerimine Bakteriofaagide antimikroobsete omaduste võimendamiseks on välja töötatud erinevaid tehnikaid
Re-suspendeerisin pellet 0,2 ml-s E1 lahuses (50mM glükoos – teeb lahuse isotooniliseks, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0, 10nM EDTA-Na2 – seob katioone, inhibeerides ensüüme(DNAaasid) ja destabiliseerib raku membraani, RnaasA 10 µl/ml – eemaldab bakteriaale RNA prepsist). Lisasin 0,2 ml E2 lahus(0,2 N NaOH, 1% SDS – detergent, lõhustab bakteriraku membraani, denatureerib valku ja laseb aluse DNAd degradeerima. Kuna plasmiidne DNA on tsirkulaarne, siis ahelad ei eralduvad), suspendeerisin. Inkubeerin laua peal 5 minutit. Lisasin peale 0,2 ml E3 lahus(5 M KOAc – peatab lüüsi, mille tagajärjel valgud ja genoomne DNA sadenevad välja. Reageerib SDS-da, tekitades ka mittelahustava sadet. 10% äädikhape pH normaliseerimine. Plasmiid DNA renatureerub ja asub nüüd supernatandis, ulejäänud – sade