8 kuid krotonlane Cylon õhutas rahva ülestõusule, mis kujunes üsna veriseks ja mille käigus paljud pütaagorlased tapeti või saadeti maalt välja. Pütaagorlasi see ei murdnud. Pärast vaheaega nende mõjuvõim taastus ja isegi laienes. Pythagoras aga oli ülestõusu tagajärjel sunnitud Krotonist lahkuma ja veetis viimased elupäevad pagenduses Musese kloostris Metapontionis, kus ta tõenäoliselt nälga suri. Ülestõusu algataja Cyloni kohta on arvatud, et ta oli jõudeelaja, keda moraalsel kaalutlusel keelduti pütaagorlaste hulka vastu võetamast, teiselt poolt kujutas ta endast opositsiooni pütaarorlaste ultrakonservatiivsele poliitikale, mis kuulutas ühiskonna ülemaks üksikisikuks. Pütaagorlaste pääs tagasi võimu juurde aga ei kestnud kaua ja juba 5. saj keskel eKr leidis aset järgmine pütaagorlastevastane liikumine, mille käigus järelejäänud liikmed Kreekasse pagendati. Philiuses ja Teebas loodi küll uued
ülestõusule, mis kujunes üsna veriseks ja mille käigus paljud pütaagorlased tapeti või saadeti maalt välja. Huvitaval kombel see pütaagorlasi ei murdnud, pärast vaheaega nende mõjuvõim taastus ja isegi laienes. Pythagoras aga oli ülestõusu tagajärjel sunnitud Krotonist lahkuma ja veetis oma viimased elupäevad pagenduses Musese kloostris Metapontionis, kus ta ca. 497 eKr tõenäoliselt nälga suri.Ülestõusu algataja Cyloni kohta on arvatud, et ta oli jõudeelaja, keda moraalsetel kaalutlustel keelduti pütaagorlaste hulka vastu võetamast, teiselt poolt kujutas ta endast opositsiooni pütaagorlaste ultrakonservatiivsele poliitikale, mis kuulutas ühiskonna ülemaks üksikisikust. Pütaagorlaste pääs tagasi võimu juurde aga ei kestnud kaua ja juba 5. saj keskel eKr leidis aset järgmine pütaagorlastevastane liikumine, mille käigus järelejäänud liikmed Kreekasse pagendati