a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet
tcatggcccttacgaccagggctacacacgtgctacaatggcgcatacaaagagaagcga cctcgcgagagcaagcggacctcataaagtgcgtcgtagtccggattggagtctgcaact cgactccatgaagtcggaatcgctagtaatcgtggatcagaatgccacggtgaatacgtt cccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtgggttgcaaaagaagtaggta gcttaaccttcgggagggcgcttaccactttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaac aaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctccttacctta b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). Vastus: CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment eco_b0201 AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA 60 ece_Z0213 AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA 60 sfl_SF4435 AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA 60 stm_STM0249 ----------GTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA 50 spt_SPA0256 -AATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA 59
annaabi.ee 
