bakteritel, pärmidel) Mitokondris: AGA - Ter* (Arg) AGG - Ter* (Arg) AUA - Met (Ile) UGA - Trp (Ter*) Muutused koodis ehk koodoni tähenduse muutused, saavad toimuda vaid siis kui koodon esineb vaid vähestes geenides. Alternatiivsed koodid on peamiselt mitokondrites ja plastiidides, st väga väikestes genoomides. Pärmi Candida mõnedel liikidel (nt albicans) on CUG koodon kas kahetähenduslik või vastab seriinile (Leu asemel). Mycoplasma capricolum kasutab ainult 56 koodonit, st 5 koodonit valgu geenides ei esine. Selenotsüsteiin ja pürrolüsiin (esinemine, koodonid ja valku lülitumise teed) Koodonikasutamise indeksid (CAI - codon adaptation index) Programmeeritud raaminihe (RF2, retroviirused) Cai – igale koodonile antakse arvuline väärtus vastavalt tema esinemisele sagedastes valkudes. Kõige kasutatavam koodon saab väärtuse 1, teiste kasutatavus arvutatakse selle järgi
Erakordne siinjuures on aga fakt, et see tRNASerCAG lülitab peptiidahelasse nii seriini kui leutsiini, viimast küll väikese sagedusega. Seega on Candida pärmidel leutsiini koodon CUG mitmetähenduslik. Selline olukord võis tekkida evolutsiooni käigus seetõttu, et koodonit CUG kasutatakse pärmides harva ja selle muutus ei omanud mingil evolutsiooni perioodil letaalset mõju. Huvitav fenomen on ka koodonite ning vastavate tRNA'de puudumine. Mycoplasma capricolum genoom ei sisalda (niipalju kui teada) CGG koodonit ega ka vastavat tRNAArg CCG geeni. Kui sellese organismi viia CGG koodonit sisaldav geen, siis viimase translatsioon peatub CGG koodoni kohal. Sellist asendumist seletatakse `genoomi AT survega' (vt. koodonite kasutamisest) koodoni kasutusele, mille tuelemusena arginiini jaoks kasutatakse põhiliselt AGPu koodoneid. Pärmi Torulopsis glabrata mitokondriaalsed geenid ei sislada ühtegi CGN koodonit, ega ka vastavat tRNA geeni ei ole leitud
annaabi.ee 
