Ta oli nagu mentor Freudile. 895 ilmub ,,Etüüdid hüsteeriast", mida peetakse psühhoanalüüsi alguseks. See on ühe naise haiguslugu. Nad kasutasid koos hüpnoosi. Avastasid, et hüpnoosiseisundis oli inimene võimeline meenutama asju, mida teadvusel olevana ei suuda meenutada. Nemad nimetasid seda korstnapühkimismeetodiks, sest alateadvusest tuleb kõik teadvusse tuua, mis muudab inimese terveks. Suhted Breueriga lähevad kehvemaks, sest Freud on nüüd majanduslikult kindlustatud. Breuerile ei meeldi Freudi ideed seksuaalsuse kohta, sest ta ise on konservatiivne. Freud püüab paljusid asju seksuaalsus kaudu selgitada. ,,Unenägude tõlgendamine" ja ,,Kolm esseed seksuaalteooriast" on Freudi meelest tema kõige olulisemad teosed. ,,Unenägude tõlgendamises" toob ta välja inimpsüühika kihtidejaotuse: teadvus (jäämäetipp sest teadvusesse korraga mahub vähe suudan rääkida, mõelda, kujutleda),
hüpnoosi ja avastasid, et hüpnoosiseisundis inimene suutis mäletada mingisuguseid asju, mida tavalises olekus ei suutnud meenutada. Breuer ja Freud nimetasid selle korstnapühkimismeetodiks. Nad avastasid, et see teeb inimesi tervemaks, kui ta elab neid kadunud mälestusi uuesti läbi. See on ka tänapäeval hüpnoosiseisundi idee. Hiljem lähevad nende teed lahku. Freud hakkab üha rohkem kirjutama seksuaalsusest. Tolleaegses Austria ühiskonnas leidis see palju kriitikat. Ka Breuerile ei meeldinud need ideed. ??Samal aastal ilmus artikkel "Ego ja id", avastati Freudil suulaest pahaloomuline kasvaja. Ta läks esimest korda operatsioonile. See ebaõnnestus. Sellel olid üsna kriitilised tagajärjed. Ta napilt pääses verejooksust. Elu lõpuks tehti talle veel 33 operatsiooni. Tal eemaldati suurem osa alalõualuust. Tal oli üpriski raske suhelda. Freudi arst olevat Freudi tema enda soovil üle doseerinud ning siis ta suri. Freud kannatas valude