· kloroplastid fotosüntees Viirused nukleiinhapete supramolekulaarsed kompleksid, mis on kapseldatud kattevalkudega ja saavad paljuneda ainult toimides parasiitidena peremeesrakkudes Henderson-Hasselbachi võrrand pH = pKa + log [A-] / [HA] puhverlahuse pH. Puhverlahus on lahus, mis koosneb nõrgast happest ja selle konjungeeritud alusest (tavaliselt soolast), puhverlahuse tema mingi parameeter säilitab püsiva väärtuse. Gibbsi vabaenerga · G= 0, reaktsioon on tasakaalus · G < 0, produktide siseenergia on väiksem kui reaktantidel, reaktsioon kulgeb spontaanselt (eksergooniline) · G > 0, produktide siseenergia on suurem kui reaktantidel, reaktsioon ei kulge spontaanselt (endergooniline) Aminohapete klassifitseerimine · proteogeensed (esinevad valkude koostises) apolaarsed, polaarsed, happelised, aluselised · aproteogeensed ei esine valkude koostises Peptiidside aminohapetes
Seega omavad enamus A-rikkaid järjestusi, mis põhjustavad DNA paindumist (bendingut), transkriptsiooni aktivatsioonil positiivset rolli eeskätt UP- elemendina. Teatud juhtudel võib UP-element transkriptsiooni mõjutata ka negatiivselt. Seda juhul, kui - CTD seondub UP-elemendiga liiga tugevalt. Siis on raskendatud RNA polümeraasi promootorilt edasi liikumine (ingl. k. promoter clearance). DNA bendingut võivad põhjustada ka nukleoidiga (bakterikromosoomiga) assotsieerunud valgud, näiteks IHF (Integration Host Factor) . IHF on heterodimeerne valk, mis seondub DNA-ga spetsiifiliselt ja painutab seda 160° kuni 180°. IHF-il on enamasti arhitektuurne funktsioon ta soodustab valk-DNA komplekside moodustumist. Selle tulemusena võib muutuda DNA heeliksi struktuur, mis omakorda soodustab avatud kompleksi teket transkriptsiooni initsiatsioonil (näiteks ilvPG promootor). Faag lambda PL promootori ja Mu