Geneetiline ebastabiilsus Mõned teadlased väidavad, et geneetilise modifitseerimise tehnoloogia iseenesest suurendab horisontaalset geenisiiret ja rekombineerumist. Potentsiaalselt viib see uute mikroorganismide ja viiruste tekkele, mille mõju keskkonnale ei ole võimalik ennustada. Siirdatud muundinfo edasine levik võib olla kontrollimatu. Tubakataimedest on antibiootikumile resistentne markergeen ülekandunud taimes leidunud baktereisse, samuti viirustesse. Seega võib geneetiline materjal levida edasi mitmesugustele mikroorganismidele, sealhulgas haigustekitajatele. Muundatud õietolmust toitunud mesilasel on muundinfo siirdunud mesilase soolebaktereile. Kuidas mõjutab see mesilase soole mikrofl oorat ning kas võõr-DNA võib siirduda sealt edasi ka mesilase keharakkudele, pole veel selge. Muundsuhkrupeedi juurtest on transgeenne materjal liikunud edasi mullabaktereile.
tavapõllud. 4) Inimestepoolne sekkumine looduse tasakaalu ka geenide tasandil võib tuua kaasa väga ettearvamatuid tagajärgi, rikkudes veelgi looduse tasakaalu. Võib kaasneda siiratud muundinfo kontrollimatu levik. o Taiwanis on GM-riisi tõttu saatatud kohaliku metsiku riisi populatsioonid ning seeläbi nende pärilikud omadused rikutud. o Tubakataimedest on antibiootikumile residentne geen üle kandunud taimes olnud baktereisse ja viirustesse. Seega võib materjal edasi levida mitmesugustes mikroorganismides, sh haigusetekitajates. Nt kahjuril võib kujuneda residentsus taimes sünteesitava toksiini suhtes. Või kujunevad sekundaarsed kahjurid need taimedel toituvad liigid, kes põhikahjuri hävitamise tõttu saavad paremad toitumistingimused, muutuvad arvukatena ise kahjuriteks (nt lehetäid). Kuigi bakteri toksiini sünteesiv taim ei tapa lehetäid, kandub see toiduahelas edasi ning mõjutab näiteks
annaabi.ee 
