Ühe aine õpetajad moodustasid teaduskonna ning ülikooli juhtis nagu tänapäevalgi enamasti rektor. Tavaliselt valiti rektor ainult üheks semestriks pidulikel jumalateenistustel. Rektori põhiülesanne oli uute üliõpilaste nimede kandmine matriklisse, samuti ülikooli varade haldamine, koosolekute juhendamine, akadeemilite liikmete üle kohtumõistmine ning ülikooli ja linna vahel olevate probleemide lahendamine. Rektori töö ei olnud tasustatud, tegemist oli auametiga. Rektorit abistasid tema töös ka abilised nagu prorektor, sekretär ja notaarius, sündikus. (Woods 2005) Algselt ei olnud ülikoolidel ametlikke hooneid. Üliõpilased ja õpetajad kohtusid kodudes, kirikus ja vahel ka tänaval ja linnaparkides. Hiljem hakati ruume rentima ja otstarbepäraseid hooneid ehitama. Loengud algasid tavapäraselt vara hommikul, kui oli valge, kuna puudus tehislik valgustus. Samuti püüti keskenduda päeva esimesel poolel
Uus rektor seati ametisse pidulikul jumalateenistusel. Vana rektor pani uuele rektorile pähe sametist mütsi ja andis võimu sümbolina üle hõbedase ametikepi ja ülikooli põhikirja.. Rektori põhiülesanne oli uute üliõpilaste nimede kandmine matriklisse, samuti ülikooli varade haldamine, pidulike koosolekute juhendamine, kohtumõistmine akadeemilise pere liikmete üle ning ülikooli ja linna vahel olevate probleemide lahendamine. Rektori töö ei olnud tasustatud, tegemist oli auametiga.. Pidulikel üritustel kõndis ikka rektor peapiiskopi või piiskopi kõrval. Palgal olid kõik rektori abilised nagu prorektorid, sekretärid, notaariused. Mõjuvõimas mees oli politseimeister ehk pedel. Tema viis ellu rektori või dekaanide korraldusi. Pedelli ülesanne oli viibida jumalateenistustel ja akadeemiliste koosolekutel ja eksamitel ja kui seal esines korrarikkumisi, siis pidi ta viivitamatult rektorile sellest teada andma. Sündikus oli ametimees, kes tegeles ülikooli kassa
annaabi.ee 
