Sellel ajal muutus Eesti alade valitsemine väga sarnaseks teiste alade valitsemisega, selleks ajaks kaotati Balti erikord. Kuna Katariina kartis, et mõisnikele ei meeldi see asehalduse aeg, selleks nimetati mõisnikud läänimõisate pärusvalduseks. Põhm läänist muutusid alloodideks. Eestimaa ja Liivimaa kubermangule pandi ühine asehaldur, kes oli kubermeeridest kõrgem. Põhja-Eestis loodi juurde Paldiski maakond (Harjumaa ja Haapsalu arvelt) [Paldiski mk on asehaldusaja tunnus]. Liivimaa kubermangus Pärnu maakond jagati kaheks (eraldati Viljandimaakond) Tartu omast Võru, Riia mk Valmiera mk ja Võnnu mk-st Valga. Viimased 4 mk säilisid ka pärast asehaldusaega. Selline haldusjaotus kehtis aastani 1917. Kõikide linnade linnaõigused taastati (linnade läänistus lõpetati). Ka Paldiski sai linnaõiguse ja rajati Võru linn. Maanõunike kolleegium saadeti laiali. Aadlimatriklid kaotasid tähtsuse (muutusid
Koormised olid määratud vakuraamatuga. (1696.majandusreglement) Samas oli ka väga palju eramõisaid, kus reduktsiooni läbi ei viidud ning kus pärisorjus säilis vanal viisil. Talupoegadel oli õigus ja võimalus kaevata mõisarentnike ja -valitsejate peale. Talupojad kasutasid seda võimalust alguses täitsa palju, kuid lõpuks see vähenes, kuna nad ei saanud õigust. Keskvalitsus ja Balti erikord 19.saj Katariina 2. Vastu võetud asehaldusaja jooksul tehtud muudatused vähendasid oluliselt Balti aadli õigusi. Kuid juba keiser Paul 1. Võttis vastu asehalduskorra akti tühistamise ning balti aadli õigused taastati. 19.saj koostati ka Balti provintsiaalseadustik(Balti kubermangude õigusnormide kogu)- aadlike, linnakodanike ja vaimulike seisuslike ja eesõiguste kogu ning kinnistas veelgi Balti erikorda. 1860. Aastatel vallandusid mitmed rünnakud Balti erikorra vastu, soovides Baltikumi tihedamat liitmist Venemaaga