Sagedasem tõrje on muutnud umbrohutaimed resistentseks nende vahendite suhtes. Seetõttu on taas kasutusele võetud toksilisemad umbrohutõrjevahendid (näiteks atrasiin). Kuigi Bt kultuurid hävitavad mõningaid kahjureid ja vajavad esimestel aastatel vähem putukamürke, suureneb tõrjevajadus kiiresti. Üheks põhjuseks on sekundaarsete kahjurite kujunemine need taimedel toituvad liigid, kes põhikahjuri elimineerimise tõttu saavad paremad toitumistingimused, muutuvad arvukatena nüüd ise kahjureiks (näiteks lehetäid ja tirdid). Teisalt on näiteks Indias põhikahjureil (puuvillamähkuril) kujunenud välja resistentsus taimes sünteesitava toksiini suhtes. Kui tava- ja mahepõllunduses piserdatakse Bt toksiini taimedele vaid vajadusel, siis geneetiliselt muundatud Bt kultuurid toodavad kahjurimürki pidevalt. Kuna putukad on kogu aeg selle toksiini mõjualas, tingib see palju suurema tõenäosuse resistentsuse tekkeks. Nii deval- HR taimed, eriti
o Tubakataimedest on antibiootikumile residentne geen üle kandunud taimes olnud baktereisse ja viirustesse. Seega võib materjal edasi levida mitmesugustes mikroorganismides, sh haigusetekitajates. Nt kahjuril võib kujuneda residentsus taimes sünteesitava toksiini suhtes. Või kujunevad sekundaarsed kahjurid need taimedel toituvad liigid, kes põhikahjuri hävitamise tõttu saavad paremad toitumistingimused, muutuvad arvukatena ise kahjuriteks (nt lehetäid). Kuigi bakteri toksiini sünteesiv taim ei tapa lehetäid, kandub see toiduahelas edasi ning mõjutab näiteks lepatriinusid, kelle eluvõime ja viljakus vähenevad. See viib lepatriinude arvukuse vähenemisele ning sunnib üha rohkem mürke kasutama. GM- taimedes sünteesitav bakteri toksiin jääb taimejäänustes mulda ja võib mõjutada mullaelustikku.