Antikoodoni järel paiknevad nn. hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis tavaliselt ei ole võimelised aluspaardumises osalema. On teada, et 18 modifitseeritud aluste olemasolu antikoodoni 3' küljel on vajalik translatsiooni täpsuse tagamiseks. Bakteri mutantides, kus mõni tRNA'd modifitseeriv ensüüm puudub, tehakse valgusünteesil rohkem vigu. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, asub antikoodonist ~70 Å kaugusel. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis seondub ribosoomis peptiidsideme moodustumist katalüüsiva tsentriga. Aminoatsüül-tRNA süntees tRNA ruumiline struktuur on kõigil erinevatel tRNA molekulidel sarnane. See sarnasus on vajalik tRNA funktsiooni täitmiseks valgusünteesil. Ribosoomidega seonduvad kõik tRNA molekulid samadesse piirkondadesse aga samuti peavad kõik aa-tRNA molekulid seonduma elongatsioonifaktor T'ga, mis transpordib neid ribosoomidesse,
Liituvad akseptorõlg ja T-õlg ning antikoodon- ja D-õlg. Tänu heeliksite liitumisele satuvad D- ja T- ling üksteisele lähedale ja nende vahel toimub aluspaardumine. Üks kõige stabiilseima struktuuriga bioloogiline molekul. α- vormis heeliks, keskel on auk. Vabas tRNA-s on antikoodoni nukleotiidid juba peaaegu heeliksis, oleksid juba nagu paardunud. Nukleotiidid paarduvad äärmiselt kergesti. Vabad on ainult 3 nukleotiidi. Üks nukleotiid antikoodonist 3’ suunas ja alati hüperpolariseeritud – ei saa moodustada vesiniksidemeid, kuna on radikaali küljes. Modifikatsiooni mõte, et kui mRNA paardub tRNA-ga, siis paardumine piirduks, ei leviks. Muidu tekiks kaheahelaline molekul, millega pole midagi peale hakata. 5’ suunas konserveerunud U – sellel on oma struktuur – U hoopis teisel pool. mRNA ei saa paarduda teisele poole, ei ulatu, kuna molekulis tekib järsk pööre. Ühelt poolt takistab hüpermodifikatsiooni, teiselt poolt
annaabi.ee 
