Kaasasündinud ehk primaarne immuunpuudulikkus on tavaliselt geneetilist päritolu (korduv kopsupõletik, kõrvapõletik, infektsioonhaigused). Omandatud ehk sekundaarne immuunpuudulikkus tekib eluea jooksul immuunsüsteemi häirumise tõttu. kaasneb mingi teise haigusega(vähktõbi rasked nakkushaigused, splenektoomia), kuid võib tekkida ka toitumishäirete, kiirituse, immuunsupressiivravi ja vananemise tõttu. Autoimmuunhaiguste põhjuseks on immuunreaktsioon, milles antigeenidena osalevad kehaomased ained. need on krooniliste bakteriaalsete ja viiruslike põletike, mürgistuste, põletuste ja muude vigastuste tagajärjel sedavõrd muutunud koed, et immuunsüsteem peab hindama neid kehavõõrasteks. Organismis tekivad tema enda moondunud kudede vastu suunatud antikehad ja immuunlümfotsüüdid, mis võivad ka normaalseid rakke ja kudesid kahjustada. Kõige tuntumateks autoimmuunhaigusteks on : reuma (näiteks reumatoidartriit) kilpnäärmepõletik punaliblede lagunemine
moodustavad Y-moodi kujundi. Ühel antikeha molekulil on 2 seostumise kohta antigeeniga. Aminohappeline järjestus Y-kujulise antikeha tippudes annabki sellele molekulile spetsiifilisuse, kuna see on väga erinev igal antikehal. Antigeen Organismi sattunud võõrainet, mis kutsub esile immuunvastuse, nimetatakse antigeeniks. Antigeenideks võivad olla mikroobid, viirused ja parasiidid, mis tungivad organismi. Samas võivad antigeenidena käituda ka kehale mitteomased ained (nt võõrvalkude), mis satuvad organismi. See osa antigeenist, mis seondub antikehaga on epitoop. See on osa, mille immuunsüsteem ehk antikehad tunnevad ära. Näiteks epitoobiks võib olla 5-6 aminohappest koosnev järjestus mingist valgust. Hapteen on madalmolekulaarne aine, millel on epitoop e. antikeha seostumise koht, kuid mis ise ei kutsu esile immuunvastust. Seega enamik madalmolekulaarseid ühendeid iseseisvalt ei ole suutelised esile kutsuma
Kasutatakse eluta vaktsiinides, eriti nendes, mis sisaldavad väiksemõõtmelisi molekule (teadagi on ju suuremad immunogeensemad), et muuta neid immunogeensemateks. Mitmetel mikroobsetel, sünteetilistel, endogeensetel preparaatidel (liposoomid) on adjuvandi aktiivsus, hetkel kasutatakse inimese vaktsiinides siiski alumiinium- või kaaliumsoolasid. Antigeenide kasutamine vaktsiinides. Põhimõtteliselt võib vaktsiinides antigeenidena kasutada terveid organisme kuni väikeste peptiidideni välja. Tegelikult sisaldavad vaktsiinid nõrgestatud, surmatud organisme, inaktiveeritud toksiine (toksoide) või subtsellulaarseid fragmente. Enamik vaktsiine on viirusvastased. Elusvaktsiinid sisaldavad nõrgestatud mikroorganisme (viiruseid). Nende jaoks on kasvukeskkond muudetud vastavaks, et nende geenid muteeruks nii, et nad kaotaksid oma virulentsuse, kuid säilitaks antigeensuse
annaabi.ee 
