Kui organismid jõuavad pimesoolde või niudesoole lõppu, järgneb iiveldus, oksendamine ja ebamugavustunne, mis progresseerub kiiresti süsteemseks haiguseks. Gastrointestinaalse antraksi suremus on ligikaudu 100% (Murray et al., 2012). Pulmonaarne antraks on seotud pika latentse perioodiga – 2 kuud või rohkem, mille jooksul on nakatunud inimene asümptomaatiline. Spoorid võivad jääda latentseteks ninakäikudes või jõuda alumistesse hingamisteedesse, kus alveolaarmakrofaagid nad alla neelavad ja transpordivad keskseinandi lümfisõlmedesse. Lõplik kliiniline pilt on mittespetsiifiline – lihasnõrkus, palavik, köha ja ebamugavustunne. Haiguse teine faas on dramaatilisem, palavik tõuseb järsult, keskseinandi lümfisõlmed on suurenenud, järgneb respiratoorne defitsiit ja sepsis. Kopsupõletikku tavaliselt ei teki. Peaaegu kõik juhud lõpevad šoki ja surmaga 3 päeva jooksul pärast sümptomite teket. (Murray et al., 2012).
valkusid (glükoproteiine). Patogeenid kleepuvad sinna kinni, ei saa edasi. Lisaks on lima koostises ka antimikrobiaalsed peptiidid (näiteks defensiinid- nahal, limaskestadel, lüsosüüm-pisarates, süljes), võivad lõhkuda bakteri membraani, aktiveerida ensüümid, peatada nukleiinhapete sünteesi Madal pH (nahal ~5.5, mao pH 2). Lima ja ripsmed. Antibakteriaalsed peptiidid. Mikrofloora. Immuunrakud epiteelkoes (alveolaarmakrofaagid, nuumrakud). Sülg ja pisarad, ensüümid. Kehatemperatuur. Retsptorid, mis võimaldavad infektsioone ära tunda - Mitte spetsiifiline (innate) TLR, LRR - Spetsiifiline (adaptive) TCR, BCR Signaali ülekande rajad Immuunsüsteemi aktivatsiooni teed Efektormehhanismid infektsioonide hävitamiseks Otsene destruktsioon (antibakteriaalsed peptiidid (lüsosüüm jne), komplemendi tekitatud lüüs, fagotsütoos, hapniku ja lämmastiku