Põhja- ja Lääne-Eesti läksid Rootsi kuninga võimu alla, Lõuna-Eesti ja Liivimaa jäid Poolale. 1584 suri Ivan IV. Kõige enam oli sõjas kannatada saanud kohalik Liivimaa elanikkond nii vaenuvägede röövimise kui kohalike sisside ja marodööride käes. 1561, 1566 ja 1571 laastas maad ka katkuepideemia. Liivi sõja sündmusi kajastas põhjalikult Balthasar Russow oma "Liivimaa kroonikas". Kokkuvõtlik kronoloogia 1558 · 22. jaanuar Vene vägi tungib põhjas Alutagusesse ja lõunas Vastseliina kaudu Tartu piiskopkonda, rüüsteretk kestab 3 nädalat. Seejärel kuulutab Ivan Julm välja vaherahu kuni maikuuni, nõudes taas "Tartu maksu" tasumist. · 1. aprill venelased alustavad Narva pommitamist · 11. mai venelased vallutavad tulekahju järel Narva · 6. juuni venelased vallutavad Vasknarva linnuse · 30. juuni venelased vallutavad Vastseliina linnuse · 7
Venemaa eesmärgiks oli jõuda läbi Vana-Liivimaa alade vallutamise Läänemerele. Sõja puhkemisele aitavad kaasa ka kaubanduslikud tülid Venemaa ja Vana-Liivimaa vahel. Näiteks Hansa kaubakontori sulgemine ja Vana-Liivimaa poolsed takistused käsitööliste siirdumisele Venemaale. Liivi sõja ajendiks oli nn "Tartu maks", mille maksmata jätmine viis sõja puhkemiseni 1558. Tähtsamad sündmused Liivisõjas: 1558-22. jaanuar Vene vägi tungib põhjas Alutagusesse ja lõunas Vastseliina kaudu Tartu piiskopkonda, rüüsteretk kestab 3 nädalat. Seejärel kuulutab Ivan Julm välja vaherahu kuni maikuuni, nõudes taas "Tartu maksu" tasumist. 1.aprill venelased alustavad Narva pommitamist. 11.mai venelased vallutavad tulekahju järel Narva. 7.juuli Gotthard Kettler saab ordumeistri koadjuutoriks ning orduvägede tegelikuks juhiks. 18.juuli venelased vallutavad Tartu. 1559- 31.august ja 15
1554 ning lubasid talle rahu säilitamiseks maksu. 1555–56 Nn koadjuutorivaenus – Liivimaa kodusõda Riia peapiiskopi ja ordu vahel. Tsaar saatis saadiku Tartusse võlguolevat maksu nõudma, piiskop andis petlikke 1556 lubadusi. 1557 Liivimaa saatkond Moskvas uute lubadustega võlg peatselt ära maksta. Vene-Liivimaa sõda (1558–83) 1558, 22. Vene vägi tungis põhjas Alutagusesse ja lõunas Vastseliina kaudu Tartu jaanuar piiskopkonda, rüüsteretk kestis 3 nädalat. 11. mai Venelased vallutasid Narva. 6. juuni Venelased vallutasid Vasknarva. 18. juuli Venelased vallutasid Tartu. Sügisel ostis Taani kuningas Frederik II Saare-Lääne piiskopi valdused oma vennale 1559 hertsog Magnusele. 1560, 2. Härgmäe lahing, Liivimaa Ordu viimane välilahing, kaotati venelastele. august