Globaalsele regulatsioonile alluvad kõik operonid. Operonid, mida kontrollib üks regulaatorvalk, moodustavad reguloni. Samasse reguloni kuuluvate operonide induktsioon võib üsna ulatuslikult varieeruda. Näiteks temperatuurishoki reguloni (Htp) puhul täheldatakse osade HSP-de (heat shock proteins) puhul temperatuuri tõusu korral 5- kuni 7-kordset induktsiooni, mõnede HSP-de tase rakus tõuseb aga üle 70 korra. Stressivastuse käigus võidakse produtseeritakse rakus signaalmolekule e. alarmoone. Tuntumad signaalmolekulid on näiteks cAMP ja guanosiintetrafosfaat ppGpp. Erinevaid regulone kontrollivad regulaatorid võivad transkriptsiooni kas stimuleerida (näiteks PhoB), inhibeerida (näiteks LexA) või mõnede geenide puhul stimuleerida ja teiste puhul inhibeerida (näiteks Lrp leucine response protein). Osa regulone on kontrollitud alternatiivsete sigma faktorite poolt (näiteks 32 regulon). Regulatsioon võib toimuda mitmel erineval viisil:
reguleerida ainult ühe promootori kaudu, mis on energeetiliselt efektiivne. Reguloniks nimetatakse neid operone ja geene, mida reguleerib üks regulaatorvalk, näiteks arginiini regulon. Moduloniks nimetatakse regulone, operone ja geene, mida reguleerib globaalne regulaatorvalk nagu näiteks Crp. Erinevus regulonidest on signaali ulatus. Moduloni korral on muudetavate geenide avaldumise arv suurem ning vastus üldisem kui regulonide puhul. Moduloni korral kasutatakse signaaliks alarmoone, mis on väikesed efektormolekulid, mis kogunevad rakus stressi korral. Näiteks Crp moduloni alarmooniks on cAMP. Stimuloni alla kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mis on aktiveeritud ühe üldise keskkonnasignaali korral. Stimuloni korral on reguleeritud geenide avaldumine, mille produktid on väga erinevate funktsioonidega, ega ole omavahel seotud otseselt nagu näiteks DNA replikatsioon ja glükolüüs. Osa teadlasi ei erista moduloni ja stimuloni ning