Ulatuslikumad väljaastumised leidsid aset Räpinas (Puuaiasõda) ja Karulas. Kirikuelu: Kiriku tegevust sätestas 1686. aasta Rootsi kirikuseadus. Kirikut juhtisid kirikuvalitsused provintsiaalkonsistooriumid Liivimaal, Eestimaal ja Saaremaal ning linnakonsistooriumid Tallinnas ja Narvas. Liivimaa ülemkonsistooriumile olid allutatud 5 Eesti 18. sajandil alamkonsistooriumid Tartus ja Pärnus. Piiskopi institutsioon Vene ajal kaotati. Kõrgeimaks Eestimaa vaimulikuks loeti Tallinna Toomkiriku ülemõpetajat. Liivimaal oli kõrgeim provintsi vaimulik kindralsuperintendent. Konsistoriaalpiirkonnad jagunesid praostkondadeks, mis omakorda jagunesid kihelkondadeks. Kirikuvara valitsemist korraldasid kirikueestseisused. Liivimaa igas maakonnas oli ametis (ülem)kirikueestistuja. Kirikueestseisustesse olid kaasatud ka talupojad, keda nimetati vöörmündriteks. See
Soome asjade justiitskolleegium Peterburis. Koosnes peamiselt baltlastest. Tegelikult 35 igapäevasesse kirikuelu juhtimisse ei sekkunud. Aste allapoole on konsistooriumid. Liivimaal jääb alles ülemkonsistoorium, mis asub Riias (enne Põhjasõda oli paiknenud Tartus). Allapoole Liivimaa ülemkonsistooriumist jäävad terve rida konsistooriume (Tartus ja Pärnus on alamkonsistooriumid). 18. sajandil on lõplikult selge, et konsistooriumis on nii vaimulikud kui ilmalikud, tegemist on segakonsistooriumiga. Kõrgemate ametite jagamine ülemkonsistoorium saab presidendi (direktori), kes on keegi maanõunike hulgast, ühesõnaga ilmalik persoon, teiselt poolt vaimulike küsimuste juhiks on kindral-superintendent (soovituslik kasutada nimetust ülemsuperintendent). Eestimaal toimub sõna otseses mõttes revolutsiooniline muudatus
annaabi.ee 
