· Mõnedes organismi piirkondades mikroobe ei ole või on ajutiselt (nt ülemistes kuseteedes, veres) · Sooletrakt o Makku satuvad bakterid koos toiduga o Maomahla ja seedeensüümide, mida eritatakse maos ja peensooles, toimel enamus baktereid sureb o Maos on happeline keskkond, seega ei saa tekkida normaalset mikrofloora, siiski maoepiteelil suudavad elada happetolerantsed laktobatsillid ja streptokokid o Alahappelises maos võivad elada bakterid, kes osalevad maohaavade ja maovähi tekkes o Peensoole alumises osas ja jämesooles on palju mikroobe, sest seal on püsiv temperatuur, sobiv niiskus ja toitainete sisaldus Jämesoole mikroobid on anaeroobid Jämesoole mikrofloora toimib nagu organ viies läbi keerulisi biokeemilisi reaktsioone Osad on kasulikud (vitamiinide biosüntees) ja osad kahjulikud (nitrite tekitamine
kus nad hävitatakse maomahla poolt. Mitmekesine, sest tingimused erinevad suuõõne eri kohtades. Streptococcus mutans kaariese tekitaja. Nad kinnituvad kapsliga hambaemailile, toodavad käritamisel piimhapet ja see koguneb nende kapslitesse, söövitades hambaemaili augud. Kapsli sünteesil kasutatakse juuretisena sahharoosi. Magu toidust ja suuõõnest. Maomahl hävitab enamuse. Tänu happelisele kk-le ei ole maos soodsaid tingimusi ka normaalse mikrofloora kujunemiseks. Alahappelises maos võivad elada ka bakterid, keda kahtlustatakse maohaavade ja maovähi tekkes. Kõige rohkem proteobaktereid. Soolestik kaksteistsõrmikus on suht vähe mikroobe. Kui rohkem mikroobe, siis viitab mao alahappesusele. Peensoole alumises osas ja jämesooles palju mikroobe. Soolestikus on rohkem baktereid kui Maal inimesi. Enamus jämesoole mikroobe on anaeroobid. Fakult.anaeroobid. nad toituvad