PEREKOND: sõstar (Ribes) mage sõstar (Ribes alpinum) SUGUKOND: roosõielised (Rosaceae) PEREKOND:angervaks (Filipendula) angerpist (Filipendula vulgaris) PEREKOND: maasikas (Fragaria) metsmaasikas (Fragaria vesca) PEREKOND: maran (Potentilla) tedremaran (Potentilla erecta) soopihl (Potentilla palustris) PEREKOKOND: murakas (Rubus) rabamurakas (Rubus chamaemorus) PEREKOND: maarjalepp (Agrimonia) harilik maarjalepp (Agrimonia eupatoria) PEREKOND: pihlakas (Sorbus) harilik pihlakas (Sorbus aucuparia) SUGUKOND: liblikõielised (Fabaceae) PEREKOND:lutsern (Medicago) sirplutsern (Medicago falcata) harilik lutsern (Medicago sativa) PEREKOND: mesikas (Melilotus) valge mesikas (Melilotus albus) PEREKOND: koldrohi (Anthyllis) harilik koldrohi (Anthyllis vulneraria) PEREKOND:nõiahammas (Lotus)
Esthonica Soomukad, Orobanche Põdrajuure-soomukas Ohakasoomukas Suur soomukas Tumepunane neiuvaip, Epipactis atrorubens Laialehine neiuvaip, Epipactis helleborine Soo-neiuvaip, Epipactis palustris Kahelehine käokeel, Platanthera bifolia Rohekas käokeel, Platanthera chlorantha Kahkjaspunane sõrmkäpp, Dactylorhiza incarnata Hall käpp, Orchis militaris Roosa merikann, Armeria maritima subsp. Elongata Aas-karukell, Pulsatilla pratensis Karvane maarjalepp, Agrimonia pilosa, direktiiviliik Madal unilook, Sisymbrium supinum, direktiiviliik Nõmmnelk, Dianthus arenarius, direktiiviliik Emaputk, Angelica palustris, direktiiviliik 17. Punased Raamatud ja nende kategooriad Punane raamat 1949 Rahvusvaheline Looduse ja Loodusvarade Kaitse Liit (alates 1994. aastast Ülemaailmne Looduskaitse Liit, lühendatult IUCN) kinnitas esimese väljasuremisohus olevate taime- ning loomaliikide nimestiku.
28 Loodusparki jääb ainuke Brauni astelsõnajala (Polystichum braunii) leiukoht. See liik on Eestis põhiareaalist kaugel kasvav I kategooria kaitsealune liik ning kuulub Eesti punase raamatu haruldaste liikide kategooriasse. Euroopa Liidu loodusdirektiivi II lisa liikidest esineb Haanja looduspargis kollane kivirik (Saxifraga hirculus) ja karvane maarjalepp (Agrimonia pilosa). Paiguti kasvab haruldast vahelduvaõiest vesikuuske. Veekogudel on kopraid, kallastel leidub ka minki ja saarmast. Haanja madalsoometsadest on paaril korral püütud väga haruldast laane-karihiirt. Samuti leidub siin karu (Ursus arctos), kivinugist (Martes foina), punahirve (Cervus elaplus), kasetriibikut (Sicista betulina), rändrotti (Rattus norvegicus) jt. Haanja looduspargis on leitud harivesilikku (Triturus cristatus)