Kliima Haanja kõrgustikul Haanjamaa kliima erinevus võrreldes ülejäänud Eestiga tuleneb suuremast kõrgusest merepinnast, liigestatud reljeefist ja kaugusest merest. Suurema absoluutse kõrguse tõttu on Haanjamaal keskmine õhutemperatuur tasandikulise alaga võrreldes ligi 1-2 °C madalam. Samuti esineb siin seetõttu talvel oluliselt harvem sulasid, mistõttu lumikate püsib kauem. Kaugus Läänemerest tingib kliima kontinentaalsuse, mis avaldub suures aastaajalises ja ööpäevases õhutemperatuuri erinevuses. Aasta külmematel kuudel (jaanuar-veebruar) on keskmine temperatuur –7,7 °C ja soojemal kuul juulis jääb temperatuur +16,3 °C ning aasta keskmisena +4 °C piiresse. Reljeefist tingitud lokaalsed temperatuuri erinevused künka lae ja oru põhja vahel võivad kevadel ja sügisel maksimaalse temperatuurikontrasti esinemise ajal ulatuda koguni 10 kraadini. Soojem on künka lael ja nõlvadel ning madalam on õhutemperatuur orgudes, samuti
kestusega tsükleid. Kõige selgemini on jälgitav umbes 30-aastane muutlikkus, millele järgnevad 6- ja 3,5-aastase kestusega tsüklid. 20. sajandil on kuivad perioodid olnud ajavahemikud 193347 ja 196376; kolmas veevaene periood algas 1992. aastal. Märjad ehk veerikkad perioodid on olnud 190010, 194862 ja 197791. Samataoline veetaseme pikaajaline kõikumine ilmneb ka järvedel, eriti Peipsil ja Võrtsjärvel. Erinevate piirkondade jõgede veereziimis ja äravoolu aastaajalises jaotuses ilmneb kohalike tegurite mõju, millest olulisimad on karst, soostumine ja maakasutus. Järved oma suure mahu tõttu ühtlustavad jõgede äravoolu ja veetaset. Neil jõgedel, kus äravoolu mõjutavad suured järved (Narva jõgi, Emajõgi) või on tegemist suure põhjaveelise toitumisega (Pandivere kõrgustikult algavad jõed), on veetaseme kõikumine väike. Aastas kõigub jõgede veetase võrdlemisi korrapäraselt. Jõgede veereziimi aastase tsükli võib