Teise maailmasõja puhkedes kuulutas Horvaatia end taas iseseisvaks ning 2. mai 1940 toimus esimene maavõistlus - Budapestis võideti Ungari 1:0. Iseolemise aeg jäi aga lühikeseks, sest peatselt okupeeris riigi Saksamaa ja seejärel sattus piirkond taas Jugoslaavia kontrolli alla. 1987. aastal tuli Jugoslaavia meeskond juunioride maailmameistriks ning selle meeskonna horvaatidest liikmetest tõusid tähtedeks Zvonimir Boban, Robert Prosinecki, Davor Suker ja Robert Jarni. 1991. aasta juunis sai Horvaatia taas iseseisvaks ning 1992.aastal astuti FIFA liikmeks. 1998. aasta MM-il Prantsusmaal, võitsid horvaadid veerandfinaalis Saksamaad 3:0, poolfinaalis jäädi alla Prantsusmaale 1:2, kuid pronksimängus võideti Hollandit 2:1. MM-turniiri edukaimaks väravakütiks tõusis Davor Suker 6 tabamusega. 2006. aastal ei läinud Horvaatial nii hästi ja nad jäid oma alagrupi 3 kohale, see tähendab seda
ametikohtadel. Euroopa Ühenduse välisministrid võtsid Brüsselis vastu otsuse tunnustada Sloveenia ja Horvaatia iseseisvust 1992. aasta 15. jaanuaril. Tunnustamise tingimusteks on demokraatia ning inim- ja vähemusrahvaste õiguste tagamine nendes riikides. Austria välisminister teatas, et Viin tunnustab Sloveenia ja Horvaatia iseseisvust koos Euroopa Ühenduse riikidega. Austria on valmis tunnustama ka teisi Jugoslaavia vabariike, kui nad selleks soovi avaldavad. Horvaatia välisminister Zvonimir Separovic teatas, et teda rahuldavad Brüsselis toimunud Euroopa Ühenduse Nõukogu istungi tulemused. Ministri sõnul on tegu olulise sammuga Jugoslaavia kriisi reguleerimise suunas. Ta arvas, et Horvaatiat tunnustatakse tänu sellele, et vabariik on täitnud kõik talle pandud kohustused inimõiguste ja vähemusrahvaste õiguste kaitse vallas. Ta toetas ka ÜRO rahuvalvejõudude saatmist Bosniasse ja Hertsegoviinasse, mis peaks ära hoidma sõja laienemise sinna.