Molekulaarne evolutsioon
Kooskõlalisus – kooskõlalisus õige puuga; andmete juurde
tootmisel konstrueerib õige puu. Puude konstrueerimise
meetodid ei ole kooskõlalised, kui asendused pole sõltumatud
ja võrdselt tõenäolised kõigis nukleotiidipositsioonides.
Distantsmeetodid ei ole kooskõlalised, kui kaugused pole
aditiivsed. UPGMA ei ole kooskõlaline ka siis, kui evolutsiooni
kiirus varieerub liiniti – kaugused pole ultrameetrilised.
Säästumeetodil ja suurima tõepära meetodil pikkade harude
probleem.
Robustsus – tundlikkus eeldustest kõrvalekaldumiste suhtes.
Suurima tõepära meetod on kõige robustsem. UPGMA kõige
tundlikum kõrvalekallete suhtes. Ülejäänud meetodite
robustsus sõltub mitmekordsete asenduste arvestamisest,
tunnuste ja tunnuse seisundite kaalumisest.
annaabi.ee 
