Mikroobifusioloogia
subühiku N-terminusega ning paindliku hingeregiooni abil seondub -subühiku C-
terminus ülesvoolu asuva DNA regulaatoralaga. Klass II promootorite puhul
soodustatakse avatud kompleksi teket.
DNA piirkonnad, kuhu seonduvad regulaatorid, võivad asuda hoopiski väga
kummalises kohas. Üldjuhul seonduvad repressorid otse promootorile, kuid
mõnikord võib asuda promootori vahealas ka aktivaatori seondumiskoht. Näiteks
transposooni Tn501 elavhõbeda resistentsusoperoni mer aktiveerimiseks on
regulaatori MerR seondumine operoni promootori vahealasse, mis jääb -35 ja -10
elemendi vahele. Selle promootori vaheala on tavatult pikk 19 20 nukleotiidi
ning transkript-siooni initsiatsiooniks on vajalik vaheala väändumine
regulaatorvalgu abil. Sellisel juhul -35 ja -10 elemendi vaheala lüheneb ning
elemendid positsioneeruvad täpselt RNAP seondumisjärjestustele vajalikule
kaugusele