Sellel otstarbel rajatakse biotiike, puhastuslodusid ja pinnasfiltreid; samuti saab kasutada looduslikke märgalasid nagu lammid ja taimestikurikkas lodud. Põhimõttelist erinevust looduslike ja tehislike biopuhastuste vahel ei ole. Looduses toimub orgaanilise reostuse lagunemine keemilistes ja bioloogilistes protsessides aeglasemalt kui tehispuhastites. Samuti sõltub puhastuse efektiivsus looduslikes süsteemides ilmastiku sesoonsetest muutustest. Tehisseadmetest on tingimused aasta läbi enam- vähem ühesugused.