"taustsignaal" - 1 õppematerjal

Molekulaardiagnostika kordamisküsimused

-Replikaatide arv: palju ma vajan? (Palju on võimalik saada...?). Kas replikaadid summeeritakse või vaadeldakse eraldi? -Kas kasutada värvide vahetust? - Esimene katse: eksperimentaalne proov märgitud Cy5 ja referents märgistatud Cy3 ("straight"). Korduskatse kus eksperimentaalne proov märgitud Cy3 ja referents (kontroll) märgistatud Cy5 ("switch") -Andmepanga valik: kus ja kuidas säilitada andmeid? Andmete eeltöötlus ja normaliseerimine: -Filtreerimine: müra (taustsignaal) kõrvaldamine? Madala intensiivsusega signaalid (spots)? Küllastunud signaalid? Madala kvaliteediga signaalid (ghosts spots, tolmu spots etc). -Ekstreemsed proovid? -Koduhoidjad (housekeeping) geenid = kontrollgeenid -Intensiivsusest sõltuv (tavalisene): globaalset intensiivsust või globaalset suhet kasutades arvutatakse üks normaliseerimifaktor Mikrokiipidel põhinevad valk-DNA seostumiskohtade uuringud: -Kaardistamine kasutades kromatiini immunopretsipitatsioonitehnikaid ja kiipe.