Tavaline tähis on näiteks FAN 1 või SYS_FAN1. Ühendused on veel kõvaketastele kasutades SATA pesasi, Flopide jaoks FDD pesad, CD/DVD lugeja jaoks veel eraldi pesad. Pühendatud on ka pinid emaplaadil korpuse küljes olevate nuppude, USB, heliväljundi ja muude lisaseadmete jaoks. Need on samuti tavaliselt ära märgistatud plaadile teksti kujul. Emaplaadil asub ka taktigeneraator, mis tagab süsteemset taktisignaali, mille abil hoitakse sünkroonis erinevaid komponente. Emaplaadile komponente ühendades pole peaaegu mitte mingit võimalust midagi valesti ühendada kuni komponendid on ühilduvad antud plaadiga. Kui midagi jääb segaseks on vajalik kindlasti kasutada emaplaadiga kaasa tulevat dokumentatsiooni, mis kirjeldab ära kõik ühendused plaadil. Emaplaadil on tavaliselt küljes erinevad pesad I/O seadmete jaoks, nagu klaviatuur, hiir, audio,kui
iseseisvalt ning vastupidi. Kasutaja juhib USART tööd seade-, oleku- ja andmeregistreid kirjutades ning lugedes. Kõikide seadistuste jaoks on olemas vastavad registrid, mida on üsna lihtne andmelehe abil seadistada. Natuke keerulisem on boodikiiruse seadmine. Taktsignaal andmete edastamiseks genereeritakse töötaktist ja kasutaja saab valida teguri 1-st 4096-ni, millega töötakt läbi jagatakse. Täiendavalt jagatakse saadud taktisignaali olenevalt reziimist veel 2, 8 või 16-ga. Probleem on selles, et kõiki taktsagedusi ei saa jagada nii, et tekiks standardne boodikiirus. Mõnede mikrokontrolleri taktsageduste puhul on boodikiiruse erinevus soovitust ligikaudu 10%. AVR andmelehtedes on toodud tabelid tüüpilistest taktsagedustest, boodikiirustest ja nende saamiseks vajalikust jagamistegurist ning tekkida võivast veast. Kuna andmete edastus toimub protsessorist sõltumata ja oluliselt aeglasemalt, tuleb enne