Maximum likelihood ehk suurima tõepära meetodi kasutamine fülogeneesipuude tegemisel
parameetrid muutumatutena. Näiteks võime tahta leida puu topoloogiat ja harude pikkusi
hoides aluste üleminekute sageduse ja arvulise vahekorra kindlate väärtuste juures.
Lihtsustatud kujul näeb suurima tõepära meetodi kasutamine parima puu väljaselgitamisel
välja järgmine. Näiteks on meil 5 organismi O1, O2, O3, O4 ja O5, kelle puhul me tahame
konstrueerida suurima tõepära meetodil fülogeneesipuu. Kombineerides neid viit
taksoniesindajat, tuleks selleks leida kõik puud, mis erineksid teineteisest topoloogia poolest.
Järgnevalt tuleb leida kõigi puude puhul väärtused, mis näitavad, kui tõenäoline on sellise puu
evolutsioneerumine. Teeme lihtsustuse ja vaatleme DNA ahelas ainult ühte saiti n. Valime
kõigi puude seast välja ühe ning leiame selle puhul tõepärasuse väärtuse. Olgu nende viie
organismi (O1-O5) nukleotiidiks antud saidis n vastavalt A; G; G; T; T:
annaabi.ee 
