"tajima" - 1 õppematerjal

Molekulaarne evolutsioon

72. Mida mõõdab parameeter teeta (Θ) ja kuidas seda empiiriliselt hinnatakse? Teeta on DNA järjestuste eeldatav varieeruvus neutraalse mudeli korral. Θ = 4Neμ, kus Ne on efektiivne populatsiooni suurus ja µ on mutatsioonikiirus. Teeta väärtust saab hinnata keskmise paaride vahelise erinevuse π abil. See on kõigi võimalike järjestuste paaride summa jagatud paaride arvuga. Eeldusel, et kehtib lõpmatute saitide mudel. 73. Milliseid näitajaid võrdleb Tajima D? Millele viitab positiivne (D > 2), negatiivne (D < -2), nullilähedane Tajima D väärtus? Tajima D võrdleb järjestuste keskmiste paariviisiliste erinevuste arvul (π) ja segregeeruvate saitide arvul (s) põhinevat teeta (Θ) hinnangut. Positiivne Tajima D esineb, kui on palju paariviisilisi erinevusi võrreldes segregeeruvate saitidega – tasakaalustav valik. Negatiivse D korral on vähe paariviisilisi erinevusi ja palju